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计算化学公社

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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 量子化学 (Quantum Chemistry) › 公社群聊记录Q&A整理概况

公社群聊记录Q&A整理概况

查看数: 15548 | 评论数: 6 | 收藏 Add to favorites 6
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liyuanhe211
发布时间: 2015-11-4 02:06

正文摘要:

本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-2-23 23:30 编辑 在公社群里呆着看每天收获都不小，但毕竟群里的“信息传递速率”是蛮低的，有时Sob回答了一个问题要往上翻好几页才能找到问题，同时有很多Sob的回答不看就丢失了 ...

回复 Reply

liyuanhe211 发表于 Post on 2015-12-5 22:37:03
yopoxia 发表于 2015-12-5 20:49
wow！ Python也太强大了！
不知道FORTRAN能不能这样？

不同语言是干不同事情的，问fortran能不能干这事就好像问Microsoft word什么时候打公式能像LaTeX一样方便一样。
用python写个Gaussian看不慢死

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yopoxia + 5 谢谢

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yopoxia 发表于 Post on 2015-12-5 20:49:45
liyuanhe211 发表于 2015-12-5 16:05
是

wow！ Python也太强大了！
不知道FORTRAN能不能这样？
liyuanhe211 发表于 Post on 2015-12-5 16:05:54
yopoxia 发表于 2015-12-5 14:11
yuanhe前辈，这个软件也是用Python写的么？

是
yopoxia 发表于 Post on 2015-12-5 14:11:33
yuanhe前辈，这个软件也是用Python写的么？
liyuanhe211 发表于 Post on 2015-11-27 07:17:39
## Update ##
考虑到冗长的多回合问答越来越多：
改善了之前（其实比较蛋疼的）问题堆一起、回答堆一起的模式，由：
  1. ----------------------------------------------------
  2. 2015.11.02 17:27:38
  3. Q:
  4. #问题1# 请问用赝势算金属的核磁能准吗
  5. #问题2# 那我想算金属原子的isotropic hyperfine coupling，不是要从NMR中得到吗？如果不能用赝势，拿什么基组算呢
  6. #问题3# VTZ可以吗
  7. #问题4# 我想算Sc Y Lu Ga的核磁，有没有一种基组对这几种金属全部使用呢
  8. #问题5# 不是每一个基组都能包含镧系和锕系的，我要做对照计算，所以需要一个基组能包含我要算的所有金属原子
  9. #问题6# 请问老师，有没有有个确定的基组可以符合要求，谢谢
  10. #问题7# 这个基组要用HF是吧
  11. #问题8# 用B3LYP可以吗
  12. #问题9# 这个计算的时候要加上int=dkh2吗

  14. A:
  15. #回答1# 用赝势的原子不可能算它的核磁
  16. #回答2# 全电子基组，考虑相对论
  17. #回答3# VTZ根本不是一个定义确切的基组，可以指代很多不同基组
  18. #回答3# 常见的全电子基组这里开头都简要说了
  19.    
  20.     在赝势下做波函数分析的一些说明
  21.     http://sobereva.com/156
  22. #回答6# UGBS
  23. #回答6# ANO-RCC
  24. #回答6# 文中都写了啊
  25. #回答7&8# 什么理论方法都行
  26. #回答9# 加

  28. ----------------------------------------------------
复制代码


变成了：
  1. ----------------------------------------------------
  2.     2015.11.13 17:44:53
  3. Q:
  4.     我想问一下，群里有谁做过AMBER的MM-PBSA教程么？？？我刚第一步下载pdb文件就显示：The file contained 3862 atoms not in residue templates。然后我运行saveamberparm com ras-raf.prmtop ras-raf.inpcrd这一步，总是显示：FATAL:  Atom .R<LEU 242>.A<O 19> does not have a type.
  5.     FATAL:  Atom .R<LEU 242>.A<OXT 20> does not have a type.
  6.     Failed to generate parameters
  7.     Parameter file was not saved.  这个问题怎么破？？？跪谢大神指点
  8.    
  9. A:
  10.     可能leap里没有载入力场库
  11.    
  12. Q:
  13.     啊。。。那要怎么添加呢？？？
  14.    
  15. A:
  16.     教程里应该有，就是source leaprc.ff??  那一句，??对应所用的力场
  17.    
  18. Q:
  19.     /可爱我实在搞不清楚啦
  20.    
  21. A:
  22.     或者leap后面-f接的那个参数
  23.     仔细看教程，仔仔细细地看
  24.    
  25. Q:
  26.     tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
  27.     source leaprc.gaff 之后得到：
  28.     $ tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
  29.     -I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/prep to search path.
  30.     -I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/闪电b to search path.
  31.     -I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/parm to search path.
  32.     -I: Adding /public/software/傲慢ber12/dat/leap/cmd to search path.
  33.     -f: Source oldff/leaprc.ff99SB.
  34.    
  35.     Welcome to LEaP!
  36.     (no leaprc in search path)
  37.     Could not open file oldff/leaprc.ff99SB: not found
  38.     > source leaprc.gaff
  39.     ----- Source: /public/software/傲慢
  40.     [表情]教程里面没说这个
  41.     额。。。我把我的记录复制过来给老师看看的，我也不种地怎么回事。。。
  42.    
  43. A:
  44.     提示很清楚
  45.     Could not open file oldff/leaprc.ff99SB: not found
  46.    
  47. Q:
  48.     [图片]
  49.    
  50. A:
  51.     load蛋白pdb之前必须先把力场库加载好，要不然才不认你的蛋白呢
  52.     [图片]
  53.    
  54. Q:
  55.     [表情]
  56.    
  57. A:
  58.     这些都是，source自己合适的
  59.    
  60. Q:
  61.     我想问一下，那我这个命令：tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
  62.     source leaprc.gaff
  63.     不是已经添加上合适的力场了吗？
  64.    
  65. A:
  66.     提示都写了没找到leaprc.ff99SB啊
  67.     你-f或者source个能找到的就完了
  68.     近来的amber版本力场库文件的名字老变，用户要随机应变
  69.    
  70. Q:
  71.     哦哦，我试试
  72.     就是先source leaprc.gaff找到合适的力场了，再tleap -f 合适的力场对吧？
  73.     /糗大了之前没用过amber，搞不清楚。、。。。
  74.    
  75. A:
  76.     -f是linux命令行启动leap时用的，source是进leap后用的，都是等价的
  77.    
  78.     你得先加载一个蛋白的力场，比如leaprc.ff14SB，然后再加载一个小分子力场leaprc.gaff
  79.    
  80.    
  81. ----------------------------------------------------
复制代码


好像好些了
liyuanhe211 发表于 Post on 2015-11-18 00:46:07
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-5-15 18:33 编辑


由于Sob给开了专门的板块（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... peid&typeid=224），目录不再更新

目录：
  1. 2015.10.22 17 ~ 2015.10.24 21        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2244
  2. 2015.10.24 20 ~ 2015.10.28 15        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2062
  3. 2015.10.28 15 ~ 2015.10.30 20        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2046
  4. 2015.10.30 20 ~ 2015.11.02 18        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2023
  5. 2015.11.02 18 ~ 2015.11.03 18        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2045
  6. 2015.11.03 19 ~ 2015.11.05 00        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2031
  7. 2015.11.05 10 ~ 2015.11.07 15        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2061
  8. 2015.11.06 12 ~ 2015.11.10 17        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2203
  9. 2015.11.10 17 ~ 2015.11.13 16        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2187
  10. 2015.11.13 08 ~ 2015.11.15 20        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2170
  11. 2015.11.15 20 ~ 2015.11.17 12        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2165
  12. 2015.11.17 22 ~ 2015.11.19 23        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2225
  13. 2015.11.19 20 ~ 2015.11.22 19        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2218
  14. 2015.11.23 03 ~ 2015.11.25 10        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2243
  15. 2015.11.28 16 ~ 2015.12.01 14        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2282&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D224
  16. 2015.11.25 10 ~ 2015.11.26 15        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2281&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D224
  17. 2015.11.26 15 ~ 2015.11.28 14        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2291&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D224
  18. 2015.12.01 14 ~ 2015.12.02 18        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2303&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D224
  19. 2015.10.21 20 ~ 2015.10.22 21        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2310&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D224
  20. 2015.12.02 18 ~ 2015.12.05 00        http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2311&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D224
复制代码



（注意到上面的时间不一定是完整衔接的，这是因为程序自动生成的文件名是以某次问答的最初一条时间为本次问答的时间，如 23:00提问，Sob 次日 8:00回答本提问；下一条 11:00提问，而消息记录正好在这两个问答间分割，则第一篇Q&A只会显示记录至前一天23:00，后一篇将显示 11:00开始，但其实中间并没有中断。这一中断时间不会超过：在取3条连续的sob回复时，这3条记录所能覆盖的最长时间，程序输出时已做检查，但注意这一检查通过是连续的必要不充分条件。）



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