求助Amber 参数化蛋白原子连接异常问题

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发布时间: 2020-11-8 11:21

本帖最后由 hhhnano 于 2020-11-8 21:14 编辑我用amber生成了top 和 inpcrd 文件，用VMD检查结构，发现269号HIE残疾中，与269号C原子相连的一个H横穿N原子，如何修改？非常感谢。

回复 Reply

chenjinfeng850 发表于 Post on 2020-11-9 07:42:34

有问题的，还是要把top结构改过来

hhhnano 发表于 Post on 2020-11-8 21:15:45

感谢chenjinfeng850的指导，马上去试验一下。
文件已经压缩上传，下不为例。

sobereva 发表于 Post on 2020-11-8 18:43:59

以后上传inpcrd、top等文本型文件前先压缩，以显著节约论坛空间、降低他人下载的耗时

chenjinfeng850 发表于 Post on 2020-11-8 18:42:06

tleap 中用先用deleteBond 把这两个键删除，然后用bond把氢和另外的氮连上。
具体查阅AMBER20 Manual 13.6

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