gromacs 如何查看体系的密度

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发布时间: 2020-11-8 16:59

请问如何查看体系的密度？我用了gmx energy 命令好像没有看到可以查看密度的选项

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霍元甲 发表于 Post on 2023-8-4 11:33:45

邱美佳发表于 2020-11-8 17:50
原来如此。谢谢你！

请问你的V是什么算的？用sasa吗？

霍元甲 发表于 Post on 2023-8-4 11:33:10

xiaowu759 发表于 2020-11-8 17:16
你用的是NVT系综吧，这样的密度只能通过m和V计算。只有用NPT系综，才能用gmx energy得到密度。

请问你的V是什么算的？用ssasa吗？

sobereva 发表于 Post on 2020-11-10 01:54:38

晓滨MD 发表于 2020-11-9 08:08
我也想请教一下，我想计算体系的粘度，但是gmx energy也是找不到选项，也是要在NPT系综下计算吗？

说清楚用什么方法算的
周期扰动法在直接在edr文件里有相关信息。和用什么系综完全无关

晓滨MD 发表于 Post on 2020-11-9 08:08:59

xiaowu759 发表于 2020-11-8 17:16
你用的是NVT系综吧，这样的密度只能通过m和V计算。只有用NPT系综，才能用gmx energy得到密度。

我也想请教一下，我想计算体系的粘度，但是gmx energy也是找不到选项，也是要在NPT系综下计算吗？

邱美佳 发表于 Post on 2020-11-8 17:50:40

xiaowu759 发表于 2020-11-8 17:16
你用的是NVT系综吧，这样的密度只能通过m和V计算。只有用NPT系综，才能用gmx energy得到密度。

原来如此。谢谢你！

xiaowu759 发表于 Post on 2020-11-8 17:16:59

你用的是NVT系综吧，这样的密度只能通过m和V计算。只有用NPT系综，才能用gmx energy得到密度。

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