gromacs有可以得到蛋白的哪些残基和分子间形成氢键的命令吗

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发布时间: 2020-11-10 15:13

如果有的话麻烦老师指点一下

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sobereva 发表于 Post on 2020-12-15 02:28:33

wzj1234 发表于 2020-12-14 15:56
感谢老师指点，请问老师VMD中小分子断开了是什么原因呢，怎么能显示完整的小分子结构吗

谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

sobereva 发表于 Post on 2020-11-13 10:53:22

wzj1234 发表于 2020-11-13 10:27
感谢老师指点，想细问一下怎么能得到可以和小分子形成氢键的残基的序号呢

参与人数 Participants 2	eV +5	收起理由 Reason
cedar33	+ 2	谢谢
sqs	+ 3	谢谢

wzj1234 发表于 Post on 2020-11-13 10:28:49

lao7 发表于 2020-11-10 21:29
1、gmx hbond -s md.tpr -f md-whole.xtc -num hbond.xvg （会提示选择两组分子）
2、xmgrace hbond.xvg ...

感谢指点，您说的这个是氢键数目吗，我想得到能和小分子形成氢键的残基序号可以操作吗

wzj1234 发表于 Post on 2020-11-13 10:27:33

sobereva 发表于 2020-11-10 20:08
gmx hbond，两个组分别选小分子和protein

感谢老师指点，想细问一下怎么能得到可以和小分子形成氢键的残基的序号呢

lao7 发表于 Post on 2020-11-10 21:29:39

本帖最后由 lao7 于 2020-11-10 21:36 编辑

1、gmx hbond -s md.tpr -f md-whole.xtc -num hbond.xvg （会提示选择两组分子）
2、xmgrace hbond.xvg （绘图）

sobereva 发表于 Post on 2020-11-10 20:08:19

gmx hbond，两个组分别选小分子和protein

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