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求助：gmx gangle 如何设置输出数据的小数位数

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ChunLinX

发布时间: 2020-11-11 15:38

正文摘要:

本帖最后由 ChunLinX 于 2020-11-12 23:21 编辑各位老师好，在用gmx gangle生成二面角分布的数据时，输出的数据默认精确到小数点后第三位，这样绘图的时候曲线不光滑（如下图）。在论坛中看到可以编写vmd程序来 ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-11-13 08:59:26

ChunLinX 发表于 2020-11-12 20:27
谢谢您的回答。我的帧数为100帧，加大后结果没有什么变化。我试了修改xtc文件的数值精度，但最后输出的结 ...

100帧往往并不够得到平滑的结果

gmx gangle输出多少位和你用什么格式轨迹、轨迹记录精度没关系。
单纯想改输出位数，你就去把gmx gangle的输出信息里面的关键字句在gmx的源代码包里面用grep搜，很容易就能找到输出的语句，稍微一改就完了。

ChunLinX 发表于 Post on 2020-11-12 23:22:18

liuyuje714 发表于 2020-11-12 20:49
你最好能给个图，帧数最好过千。区区小几百帧属实太少，如果你分的角度bin太小，根本不够

谢谢，我将图贴在上面了，bin为1°，900帧。

liuyuje714 发表于 Post on 2020-11-12 20:49:48

本帖最后由 liuyuje714 于 2020-11-12 20:52 编辑

ChunLinX 发表于 2020-11-12 20:27
谢谢您的回答。我的帧数为100帧，加大后结果没有什么变化。我试了修改xtc文件的数值精度，但最后输出的结 ...

你最好能给个图，帧数最好过千。区区小几百帧属实太少，如果你分的角度bin太小，根本不够

ChunLinX 发表于 Post on 2020-11-12 20:30:47

sobereva 发表于 2020-11-11 21:02
改源代码，重新编译

谢谢老师，这样做确实有效，但是对我这种新手来说太难了，等我学会编程再尝试

ChunLinX 发表于 Post on 2020-11-12 20:27:08

liuyuje714 发表于 2020-11-11 21:32
不光滑不应该是小数点精度问题，可能是你本身轨迹帧数太少。其次，如果你用的是xtc轨迹，那么默认保存数据 ...

谢谢您的回答。我的帧数为100帧，加大后结果没有什么变化。我试了修改xtc文件的数值精度，但最后输出的结果始终是三位小数，用trr文件也是三位小数。由于我得到的二面角分布比较“胖”，概率的最大值只有0.016，而精度为0.001，因此我觉得画图看起来不平整主要还是输出的位数太少引起的。

liuyuje714 发表于 Post on 2020-11-11 21:32:52

本帖最后由 liuyuje714 于 2020-11-11 21:35 编辑

不光滑不应该是小数点精度问题，可能是你本身轨迹帧数太少。其次，如果你用的是xtc轨迹，那么默认保存数据精度就只有0.001 nm，因此你直接更改源码输出并不正确，除非你直接在mdp中同时定义xtc的输出精度到更高。当然如果你用的trr，那就不需要。
所以我还是觉得并不是精度问题。

sobereva 发表于 Post on 2020-11-11 21:02:05

改源代码，重新编译

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