求助关于服务器和笔记本做GROMACS分析的对比

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发布时间: 2020-11-13 22:05

通过命令： grep processor /proc/cpuinfo |wc -l 16 得知是16核的CPU ，但是我们在做正常的动力学的时候CPU占用是%1600 ，但是做分析的时候一半都是%100 如图：那是不是意味着，gmx做分析的时候只用了1个核心？ ...

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少年爱吃地三鲜 发表于 Post on 2020-11-14 15:03:01

liuyuje714 发表于 2020-11-14 09:29
哪有很慢，普通分析也并不需要并行，除了几个解特征值的工具很慢，当然如果轨迹帧数太多，慢也是正常的。 ...

您说的对，我这个帧数太大了。所以我会觉得慢，大概要花上7，8个小时左右，

liuyuje714 发表于 Post on 2020-11-14 09:29:17

本帖最后由 liuyuje714 于 2020-11-14 09:32 编辑

少年爱吃地三鲜发表于 2020-11-14 09:04
谢谢您。所以他即使是用服务器做分析和笔记本没什么区别。很慢

哪有很慢，普通分析也并不需要并行，除了几个解特征值的工具很慢，当然如果轨迹帧数太多，慢也是正常的。
PS:一般的服务器单核性能都比自己的台式机或者笔记本差。

少年爱吃地三鲜 发表于 Post on 2020-11-14 09:04:21

liuyuje714 发表于 2020-11-13 22:15
当然可以。大部分的 gmx自带分析工具都不是并行的。除了少量的工具比如gmx hbond，gmx wham等支持openmp的 ...

谢谢您。所以他即使是用服务器做分析和笔记本没什么区别。很慢

liuyuje714 发表于 Post on 2020-11-13 22:15:45

本帖最后由 liuyuje714 于 2020-11-13 22:18 编辑

当然可以。大部分的 gmx自带分析工具都不是并行的。除了少量的工具比如gmx hbond，gmx wham等支持openmp的并行。

少年爱吃地三鲜 发表于 Post on 2020-11-13 22:06:39

第一个是动力学，第二个是做分析（rdf）

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