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求助OH对醇的氢提取反应对IRC末端做优化得到的复合物

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发布时间: 2020-11-16 10:15

正文摘要:

大家好:   最近在计算OH对醇的氢提取反应,IRC按照默认步长跑完两百步后正常结束,取端点进行优化后遇到如下问题:   1:位点1,离醇羟基相对较远,但是IRC反应物一侧优化后出现复合物,具有 ...

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wzkchem5 发表于 Post on 2020-11-18 11:44:46
jing-quan63 发表于 2020-11-18 11:09
我就这一个结构,发现能量比A+B低1kcal,然后sober老师说是复合物,我也想知道这个结构是不是C-H-O形成了 ...

这个用sob老师贴的链接里的方法就能知道了
jing-quan63 发表于 Post on 2020-11-18 11:09:14
jing-quan63 发表于 2020-11-18 11:08
我就这一个结构,发现能量比A+B低1kcal,然后sober老师说是复合物

我就这一个结构,发现能量比A+B低1kcal,然后sober老师说是复合物,我也想知道这个结构是不是C-H-O形成了弱3氢键,但是没底
jing-quan63 发表于 Post on 2020-11-18 11:08:32
wzkchem5 发表于 2020-11-18 11:02
哦,你贴的图是没有氢键的那个是吧,我还以为你指的是C-H…O弱氢键
你把另一个结构也贴出来看看,可能是 ...

我就这一个结构,发现能量比A+B低1kcal,然后sober老师说是复合物
wzkchem5 发表于 Post on 2020-11-18 11:02:52
jing-quan63 发表于 2020-11-18 10:50
我理解的氢键就是醇羟基的O和OH的H形成的

哦,你贴的图是没有氢键的那个是吧,我还以为你指的是C-H…O弱氢键
你把另一个结构也贴出来看看,可能是另一个结构有不稳定因素,而不是这个结构有稳定因素
jing-quan63 发表于 Post on 2020-11-18 10:56:18
jing-quan63 发表于 2020-11-18 10:50
我理解的氢键就是醇羟基的O和OH的H形成的

我理解的氢键就是醇羟基的O和OH的H形成的,但是这个地方明显离得太远了,不具备这样的条件
jing-quan63 发表于 Post on 2020-11-18 10:50:28
wzkchem5 发表于 2020-11-18 10:47
你指的是哪个原子和哪个原子之间可能是氢键?标出来

我理解的氢键就是醇羟基的O和OH的H形成的
wzkchem5 发表于 Post on 2020-11-18 10:47:26
jing-quan63 发表于 2020-11-18 09:14
谢谢老师,那请问这是因为氢键形成的么,感觉不像啊

你指的是哪个原子和哪个原子之间可能是氢键?标出来
jing-quan63 发表于 Post on 2020-11-18 09:14:46
sobereva 发表于 2020-11-18 02:38
这就是个反应复合物
没必要管BSSE

谢谢老师,那请问这是因为氢键形成的么,感觉不像啊
sobereva 发表于 Post on 2020-11-18 02:38:44
jing-quan63 发表于 2020-11-17 14:56
如果是色散作用,在计算速率常数时需要当作RC处理吗,或者是否有必要计算BSSE?谢谢老师

这就是个反应复合物
没必要管BSSE
sobereva 发表于 Post on 2020-11-17 02:33:07
画个RDG图就知道是什么作用导致的复合
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
使用Multiwfn做NCI分析展现分子内和分子间弱相互作用
https://www.bilibili.com/video/av71561024

你没给出截图,凭空不好猜,八成是色散吸引作用。
wzkchem5 发表于 Post on 2020-11-16 14:54:36
判断是否存在复合物,应该按Gibbs自由能判断,而不是按能量判断
jing-quan63 发表于 Post on 2020-11-16 14:01:43
sobereva 发表于 2020-11-16 10:24
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反 ...

好的,谢谢老师,请问这个问题如何解决呢?
sobereva 发表于 Post on 2020-11-16 10:24:16
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“复合物判断”改了,以后务必注意,下次将扣分处理。

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