牧生 发表于 2020-11-17 16:52 谈谈原子间是否成键的判断问题 http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html） |
牧生 发表于 2020-11-17 16:28 “算得慢”这种描述不提供任何有效信息，光关注是快是慢只会把你蒙在鼓里 Gaussian用户都知道，几何优化过程应当监控优化过程，看是否往期望的结构移动、是否出现了震荡之类，免得白算。仔细看此文 量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法 http://sobereva.com/164 |
| 非常感谢，近期的问题得以解决。 |
牧生 发表于 2020-11-17 16:52 这个是对的，multiwfn不显示键级 键级可以从高斯的输出里读出来，或者用multiwfn单独做键级分析 |
本帖最后由 牧生 于 2020-11-17 16:59 编辑 wzkchem5 发表于 2020-11-17 16:20 谢谢。。 主要是，才开始接触高斯，还不太看得懂gau.out的输出。还要再多学习一下，我会先尝试调整核数和内存来查看是否对计算速度有明显影响。 今天下午进行了如下： ①用chemdraw画了十二烷基季铵根， ②再用chem3d进行了能量最小化，将结果另存为pdb， ③使用./RESP.sh DTAB.pdb 1 1 计算现在看起来计算速度比较正常了。输出也是正常的 N -6.126292 -0.068455 -0.002036 0.2618670933 C -6.281324 -0.913766 -1.231671 -0.3559329972 C -7.198163 0.983310 0.002131 -0.4172238248 C -6.284420 -0.927173 1.217907 -0.3556898694 C -4.778218 0.639134 0.003328 -0.1643400395 C -3.553642 -0.261652 0.002035 0.0885203618 C -2.272411 0.578776 0.003899 0.0217035869 C -1.006176 -0.277581 0.003915 0.0327851869 C 0.283539 0.542766 0.003257 0.0648886460 C 1.550522 -0.312763 0.003683 0.0468333101 C 2.844097 0.501922 0.001342 0.0475336801 C 4.109942 -0.355382 0.002142 0.1047815299 C 5.405155 0.456850 -0.001277 0.0136706809 C 6.670232 -0.401458 -0.000138 0.0191645424 C 7.967048 0.409734 -0.004141 0.2038484559 C 9.225060 -0.457484 -0.002757 -0.2469147662 H -5.546584 -1.723974 -1.210644 0.1765604072 H -6.126848 -0.284899 -2.115795 0.1765604072 H -7.293279 -1.333322 -1.239524 0.1765604072 H -8.177208 0.491257 -0.002327 0.1914160435 H -7.085150 1.606088 -0.892028 0.1914160435 H -7.088182 1.595941 0.903604 0.1914160435 H -5.549556 -1.737106 1.189949 0.1764825114 H -7.296348 -1.346938 1.218639 0.1764825114 H -6.132315 -0.307972 2.109285 0.1764825114 H -4.781406 1.289947 -0.881551 0.1198829210 H -4.784493 1.283007 0.893258 0.1198829210 H -3.551980 -0.916909 0.886775 0.0112924401 H -3.551138 -0.913667 -0.885100 0.0112924401 H -2.267786 1.242887 -0.878389 0.0021314843 H -2.268984 1.241270 0.887409 0.0021314843 H -1.016700 -0.943053 0.886107 -0.0139181781 H -1.017082 -0.943566 -0.877889 -0.0139181781 H 0.292189 1.208675 -0.879106 -0.0254274633 H 0.292423 1.209999 0.884615 -0.0254274633 H 1.540252 -0.978549 0.886314 -0.0249735903 H 1.538933 -0.981315 -0.876839 -0.0249735903 H 2.854509 1.167419 -0.881584 -0.0254557495 H 2.855668 1.170827 0.881674 -0.0254557495 H 4.098941 -1.020566 0.885346 -0.0374038816 H 4.097090 -1.024920 -0.877741 -0.0374038816 H 5.416160 1.121722 -0.884752 -0.0235807724 H 5.417844 1.126562 0.878511 -0.0235807724 H 6.659366 -1.066333 0.883590 -0.0157169338 H 6.657314 -1.071704 -0.879772 -0.0157169338 H 7.975364 1.073635 -0.887603 -0.0408143803 H 7.977308 1.079273 0.875035 -0.0408143803 H 10.141347 0.154200 -0.005821 0.0496985814 H 9.259496 -1.107157 0.887946 0.0496985814 H 9.257436 -1.112978 -0.889264 0.0496985814 |
牧生 发表于 2020-11-17 15:03 对 我还是说你应该看一下高斯的输出文件，不要光看RESP.sh的输出，不然你永远不可能知道高斯为什么算得慢 |
牧生 发表于 2020-11-17 13:48 用gaussview或者类似的可视化软件打开就可以看到原子的对应关系了。 至于高斯一直在跑的原因，建议看一下高斯的输出文件，而不要只看RESP的输出文件 |
本帖最后由 牧生 于 2020-11-17 13:57 编辑 wzkchem5 发表于 2020-11-17 13:22 我没有刻意设置什么，但是经过验证，有如下结果 ①画了不带电的水分子， ./RESP.sh WATER.pdb 0 1 几分钟计算成功 O -0.000000 0.121147 0.000000 -0.8258486819 H 0.754995 -0.484595 -0.000000 0.4132085644 H -0.754995 -0.484585 -0.000000 0.4126401176 ②画个不带电的甲苯分子， ./RESP.sh JB.pdb 0 1 几分钟即可计算成功 C -1.195141 -1.211715 0.000015 -0.1189698696 C -1.907719 -0.006944 -0.000032 -0.1733319869 C -1.209320 1.203744 0.000002 -0.1064599028 C 0.190207 1.208641 0.000023 -0.2816786102 C 0.916964 0.008654 -0.000013 0.3178337796 C 0.202020 -1.201198 0.000020 -0.2643228876 C 2.425636 0.003442 -0.000023 -0.4370989623 H -1.731123 -2.164107 0.000078 0.1330893540 H -3.000221 -0.013136 -0.000124 0.1345901760 H -1.755081 2.150498 0.000045 0.1301508340 H 0.727297 2.160931 0.000082 0.1523500433 H 0.749867 -2.147759 0.000026 0.1513466418 H 2.832340 1.025037 0.000039 0.1208337969 H 2.820541 -0.519642 0.886112 0.1208337969 H 2.820507 -0.519563 -0.886206 0.1208337969 此处有个疑问，我如何确定某个碳原子和氢原子是分子式中的对应原子啊？？ 经过这两个计算，证明我的操作，和过程是没有问题的。。 ③画带负电十二烷基磺酸根， ./RESP.sh SDS.pdb -1 1 经过好几个小时，仍然在 Running optimization task via Gaussian... 中断任务。。 ④画带正电的十二烷基季铵根， ./RESP.sh DTAB.pdb 1 1 数个小时后，任然在 Running optimization task via Gaussian... 中断任务。 ⑤ 现在正在进行不带电的十二烷基叔胺的计算， ./RESP.sh D.pdb 0 1，等待结果。但是看起来可能还是会很长很长时间。 |
牧生 发表于 2020-11-17 07:57 原子坐标的单位（bohr/angstrom）设对了吗？ |
牧生 发表于 2020-11-16 16:05 检查中间正在跑的Gaussian输出文件，看算到什么程度了，是几何优化难收敛，还是虽然收敛过程顺利但单纯因为机子太慢没算完 |
本帖最后由 牧生 于 2020-11-16 16:53 编辑 hebrewsnabla 发表于 2020-11-16 15:07 已经发现了这个问题，改用g16就可以正常计算了。。 计算了一个Multiwfn自带的苯酚.xyz，都正常进行了，几分钟就出结果了。。 但是现在计算用高斯自己画的SDS.pdb, 就半个小时都还在run [jing@jing Downloads]$ ./RESP.sh SDS.pdb -11 Net charge = -1 Spin multiplicity = 1 Running optimization task via Gaussian... 我觉得对于一个SDS这样的小分子，不至于一个小时还在这一步，但是又不知道哪里有问题，初步觉得是不是画的分子式有啥问题，但是高斯另存的pdb，看图像也没错啊，单键双键都好好的。。 |
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