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求助DMOL3对分子和周期性体系electrostatic potential中计算的区别

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发布时间: 2020-11-17 07:06

正文摘要:

1. 用dmol3对co2分子和放在晶胞中的co2进行electrostatic potential和electron density计算,发现默认生成的electron density isosurafce生成的isovalue很不同,查看了官方的help说“0.2 electrons/&Aring;3 for c ...

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kaier 发表于 Post on 2021-11-19 12:21:11
wzkchem5 发表于 2021-11-10 18:23
那是说难以直接探测到分子吸附在哪里,也就是不好直接表征。但是你可以换个思路,如果吸附在表面,那么吸 ...

好的,我试试,感谢感谢!
wzkchem5 发表于 Post on 2021-11-10 18:23:45
kaier 发表于 2021-11-10 10:33
吸附的研究我刚刚接触。对于多孔材料吸附气体或者液体分子,我问过一些表征的老师,对于吸附在孔道内部或 ...

那是说难以直接探测到分子吸附在哪里,也就是不好直接表征。但是你可以换个思路,如果吸附在表面,那么吸附量和表面积成正比;如果吸附在内部,那么吸附量和体积成正比。你制备若干份不同比表面的样品,看看吸附量是和表面积的线性比较好还是和体积的线性比较好,就知道了
kaier 发表于 Post on 2021-11-10 17:33:18
wzkchem5 发表于 2021-11-10 16:51
建议自学一下基础的立体几何

吸附的研究我刚刚接触。对于多孔材料吸附气体或者液体分子,我问过一些表征的老师,对于吸附在孔道内部或表面不大好做表征。当然也许研究吸附的可能会有一些特定的方法,这个我了解不多,因此看到了相关的内容想请教一下具体的内容
wzkchem5 发表于 Post on 2021-11-10 16:51:00
kaier 发表于 2021-11-10 02:56
大佬,这个具体是啥理论,有啥判别标准,我来查查

建议自学一下基础的立体几何
kaier 发表于 Post on 2021-11-10 10:00:24
wzkchem5 发表于 2021-11-9 23:38
实验上应该知道。这个问题属于实验好做但是计算不太好做的问题

谢谢老师解答。实验上您认为主要有哪些方法可以来验证呢
kaier 发表于 Post on 2021-11-10 09:56:40
喵星大佬 发表于 2021-11-10 04:13
你测吸附量和你的吸附材料的量是几次方关系不就知道了嘛

大佬,这个具体是啥理论,有啥判别标准,我来查查
喵星大佬 发表于 Post on 2021-11-10 04:13:23
kaier 发表于 2021-11-9 11:36
如何知道分子是吸附在其表面还是孔洞里面呢

你测吸附量和你的吸附材料的量是几次方关系不就知道了嘛
wzkchem5 发表于 Post on 2021-11-9 23:38:05
kaier 发表于 2021-11-9 04:36
如何知道分子是吸附在其表面还是孔洞里面呢

实验上应该知道。这个问题属于实验好做但是计算不太好做的问题
kaier 发表于 Post on 2021-11-9 11:36:35
wzkchem5 发表于 2020-11-17 14:17
如果分子是吸附在沸石里面,而不是吸附在表面,那就不需要切slab,直接在三维晶格里放小分子就行

如何知道分子是吸附在其表面还是孔洞里面呢
peroxo 发表于 Post on 2020-11-18 05:48:03
喵星大佬 发表于 2020-11-17 14:31
而且可能要用超胞,至少要让小分子和相邻镜像不能有相互作用

受教了,谢谢老师
卡开发发 发表于 Post on 2020-11-17 15:28:47
peroxo 发表于 2020-11-17 13:25
谢谢老师,我现在的问题就是吸附了小分子后与框架吸附位点的静电作用分析。有的文献处理这种周期体系吸附 ...

尺寸足够大边缘处理得当也是可以使用团簇的近似的,真实的体系本身就是一个足够大的团簇,只是比原子分子尺度足够大才用周期边界近似罢了。
喵星大佬 发表于 Post on 2020-11-17 14:31:53
wzkchem5 发表于 2020-11-17 14:17
如果分子是吸附在沸石里面,而不是吸附在表面,那就不需要切slab,直接在三维晶格里放小分子就行

而且可能要用超胞,至少要让小分子和相邻镜像不能有相互作用
wzkchem5 发表于 Post on 2020-11-17 14:17:39
peroxo 发表于 2020-11-17 13:09
我现在做的是沸石吸附所以感觉没法像slab那样处理对周期体系的处理不是特别懂

如果分子是吸附在沸石里面,而不是吸附在表面,那就不需要切slab,直接在三维晶格里放小分子就行
peroxo 发表于 Post on 2020-11-17 13:25:48
卡开发发 发表于 2020-11-17 11:32
严格来说,块体没办法直接比较,周期体系没有真正意义上的真空。而表面体系也是通过定义距离表面足够远的 ...

谢谢老师,我现在的问题就是吸附了小分子后与框架吸附位点的静电作用分析。有的文献处理这种周期体系吸附小分子的方法是将晶体切成部分的nonperiodic superstructure来计算孔道的esp(10.1002/ange.201408933)。不知道这样的处理是否严谨?我尝试过想将我的晶体结构也做切割,但能量计算总不能收敛,不知道老师您有没有知道相关的资料可以借鉴一下。

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