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求助:orca优化金属离子簇+有机分子 配合物,结构变化奇怪

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发布时间: 2020-11-17 10:52

正文摘要:

本帖最后由 qmlearner 于 2020-11-17 11:01 编辑                                 体系是一 ...

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qmlearner 发表于 Post on 2020-11-17 11:57:37
喵星大佬 发表于 2020-11-17 11:48
这就是个MOF咯

MOF的话不建议用团簇哦,描述不好,头尾不能兼顾

是MOF。实验那边合作者说他们实验上其中一个配体跟离子簇的反应能垒比另一个高。用vasp的话怎么考察配体和离子簇反应的难易呢?怎么体现反应这个过程,可以做哪些分析呢?
喵星大佬 发表于 Post on 2020-11-17 11:48:03
qmlearner 发表于 2020-11-17 11:33
晶体里面这个簇外面是12个相同的有机阴离子。这个计算的研究目的就是要看这两种有机配体跟离子簇反应的难 ...

这就是个MOF咯

MOF的话不建议用团簇哦,描述不好,头尾不能兼顾

有VASP版权可以用VASP扣个元胞,各种分析有VASPKIT/p4vasp这些

没有可以用QE,自己有pp.x可以做些分析
qmlearner 发表于 Post on 2020-11-17 11:33:53
本帖最后由 qmlearner 于 2020-11-17 13:50 编辑
喵星大佬 发表于 2020-11-17 11:09
结构显然不能这么整

12个正电荷也太离谱了

晶体里面这个簇外面是12个相同的有机阴离子,阴离子的另一端又接另一个离子簇。这个计算的研究目的就是要看这两种有机配体跟离子簇反应的难易。我开始想的是放一个配体,做个离子簇-配体距离的扫描,再做一下其他的波函数分析。
在甲酸+DMF的混合溶剂中这两种有机分子配体都带2个负电荷,即使离子簇周围放12个配体,整个模型还是带12个负电荷。感觉还是不太行。关于建模方面老师您有什么建议么?
或者我能否这样设计模型:其中11个配体,把他们远离离子簇的那一端的羧基换成甲基,这样整个体系就带1个负电荷。


喵星大佬 发表于 Post on 2020-11-17 11:09:04
结构显然不能这么整

12个正电荷也太离谱了

这个簇外外面本来肯定有东西的

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