分子动力学模拟跑完小分子和蛋白质后它俩不结合这个是正常的嘛？

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发布时间: 2020-11-19 11:12

想麻烦问一下各位老师分子动力学模拟跑完小分子和蛋白质后它俩不结合这个是正常的嘛？因为我之前跑教程的时候跑出来也是不结合的所以想麻烦问一下～谢谢老师

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sobereva 发表于 Post on 2020-11-20 04:33:31

BabysBreath 发表于 2020-11-19 15:52
好的，谢谢社长，我是先跑完的对接之后然后把两个拆开生成各自的拓扑文件后再操作的，但是每次跑完都是这 ...

从对接的结构开始跑，然后很快就散架，要么是对接的结果本身不可靠，要么是模拟做的有问题
如果你从对接后的结构上看，觉得凭借相互作用应该能稳定维持住，一方面确保模拟方式合理，一方面模拟刚开始的时候给蛋白-配体之间加限制势，或者用位置限制，等其它地方平衡一些后再把限制势去掉，看是否还会跑掉。

BabysBreath 发表于 Post on 2020-11-19 15:52:18

sobereva 发表于 2020-11-19 13:49
如果一开始小分子并没有放在实际结合位点上，想模拟出结合状态需要跑非常长的MD
如果一开始就放在了已知会 ...

好的，谢谢社长，我是先跑完的对接之后然后把两个拆开生成各自的拓扑文件后再操作的，但是每次跑完都是这个样子，那是否说明是跑的时间太短了呢？（我一般都在20ns以下）

sobereva 发表于 Post on 2020-11-19 13:49:16

如果一开始小分子并没有放在实际结合位点上，想模拟出结合状态需要跑非常长的MD
如果一开始就放在了已知会结合的位点上，检查拓扑文件等方面的合理性。如果实验上已知能稳定结合，合理的模拟情况下不会马上小分子就跑出去。

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