好滴，谢谢老师解答

红烧肉盖饭 发表于 2023-3-14 12:27
老师您好，我有一些输入文件的问题。我在将文件导入linux下gaussian之前，设置是
%nprocshared=8
%mem=12 ...

要么是文件搞混了，要么是被别人改了
这种问题问你们集群的管理员，别人不知道你们集群的情况是没法回答的

老师您好，我有一些输入文件的问题。我在将文件导入linux下gaussian之前，设置是
%nprocshared=8
%mem=12GB
提交计算之后（最近组里整合的服务器，用的是slurm集群，g09），用vi打开输入文件就变成了
%nprocshared=12
%mem=30GB
这是因为什么呢？
而且我现在在集群提交计算命令会被直接踢掉，就是直接“C Workq”状态，也不知道是怎么一回事，前几天还好好的，应该不是输入文件的问题。
烦请老师解惑。

sobereva 发表于 2020-11-27 18:35
AM1-BCC的结果就不用管了，本来就是HF/6-31G*的RESP的近似，能算得动RESP就没理由再用这个

我在下文里 ...

感谢老师！  您是真的强！！！  这个疑惑困扰我好久了

YZH_jesse 发表于 2020-11-27 14:28
收到，感谢老师回答！

这些天我尝试了很多次给 间苯二胺（MPD）分子 分配电荷，和文献 “Computer sim ...

AM1-BCC的结果就不用管了，本来就是HF/6-31G*的RESP的近似，能算得动RESP就没理由再用这个

我在下文里特意说了，溶剂下的模拟最建议用RESP2_0.5，用于GAFF完全可以放心。B3LYP/6-311G**结合溶剂模型直接算的RESP电荷不如HF/6-31G*算的RESP电荷适合做溶剂下的动力学
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

YZH_jesse 发表于 2020-11-20 17:08
不好意思老师  刚刚去做了一会儿实验

我重新检查了一下我的分子建模过程，出现的错误很低级，我的问题 ...

clean相当于基于极度粗糙的经验性的力场给你处理的，这种做法不仅精度极差，而且往往定性错误。如果就为了得到个定性靠谱的有机分子结构，至少也应该拿半经验优化一下（Gaussian里用比如PM6D3或者PM7），小分子不到半分钟就优化完了。

sobereva 发表于 2020-11-20 04:12
1 那不叫原子类型，那叫元素名，完全是不同的概念

“Material Studio中的能量优化”指代不明，谁也不知 ...

不好意思老师  刚刚去做了一会儿实验

我重新检查了一下我的分子建模过程，出现的错误很低级，我的问题我的问题。

优化过程用的是Material Studio 2017 软件中的 “clean” 命令，没有计算级别可言。后续要好好学一下怎么搜索能量最低结构的问题。

感谢老师的回答！

喵星大佬 发表于 2020-11-19 22:56
建议先看这篇社长的博文

http://sobereva.com/414

感谢大佬！我看了一下社长的博文，通过在Gaussian View中调整键长即可实现成键的显示  还能改变键的类型（如单键、双键、三键）
再次感谢大佬！

1 那不叫原子类型，那叫元素名，完全是不同的概念

“Material Studio中的能量优化”指代不明，谁也不知道你的初始结构怎么来的，用的什么程序的什么级别计算的，根本没法判断合理性。
反正光是靠猜来摆结构而不是靠molclus做诸如构象搜索获得，大概率肯定得到的不会是能量最低结构。不过RESP电荷对构象敏感度比普通拟合静电势电荷低，问题倒也没那么严重。

2 是

建议先看这篇社长的博文

http://sobereva.com/414

你的gjf里面键长太长了，超出了gv的判断标准，你的CC键是154pm，是CC单键的键长，CH键长114pm，比一般的CH键长，gv的判断标准大概是111pm，所以你看到的是没有线连着的，但是计算完全没有影响