请教DNA在gromacs中Amber99SB-Ildn力场无法识别原子的问题

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发布时间: 2020-12-2 18:00

请教各位老师，我利用avogadro搭建了一个七个碱基对的DNA分子，在gromacs下利用pdb2gmx加入立场时，发生了端部原子不匹配的现象，请问该如何解决贴上我的原子信息以及Amber99SB-Ildn中的rna.rtp文件信息，请问老师 ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-12-3 17:11:56

阿帅先森发表于 2020-12-3 13:42
老师您好，我直接将端部的磷酸基团给删掉做了一个封端处理，请问这样可以吗，MD体系这样处理后是可以正常 ...

可以

阿帅先森 发表于 Post on 2020-12-3 13:42:09

sobereva 发表于 2020-12-2 23:21
原子名问题。结构文件里的残基中的原子名必须和rtp中对应的残基的原子名一致才能匹配上，仔细检查
DA5对应 ...

老师您好，我直接将端部的磷酸基团给删掉做了一个封端处理，请问这样可以吗，MD体系这样处理后是可以正常运行的，会不会对整体结构产生破坏

sobereva 发表于 Post on 2020-12-2 23:21:59

原子名问题。结构文件里的残基中的原子名必须和rtp中对应的残基的原子名一致才能匹配上，仔细检查
DA5对应5'端的DA，DA3对应3'端的DA，在中间的直接叫做DA

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