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用win版的gmx执行gmx do_dssp不出结果

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发布时间: 2020-12-5 20:24

正文摘要:

本帖最后由 好孩纸呀 于 2020-12-5 21:52 编辑 老师 ,我用win版的gromac分析蛋白质的二级结构,执行gmx do_dssp -f md_noPBC.xtc -s md.tpr -o sec_str.xvm -ssdump命令时,能运行,但是不出结果,显示如下,这 ...

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好孩纸呀 发表于 Post on 2021-9-4 09:33:47
夏一天 发表于 2021-8-16 18:30
兄弟,我情况和你一样,win版的gromac不出结果,显示也和你的一样,请问如何解决的?感谢!

把DSSP 配置到环境变量里就行了,不配置没法用
夏一天 发表于 Post on 2021-8-16 18:30:54
兄弟,我情况和你一样,win版的gromac不出结果,显示也和你的一样,请问如何解决的?感谢!
好孩纸呀 发表于 Post on 2021-4-6 12:06:24
计算小菜鸡 发表于 2021-4-2 16:24
麻烦说一下,怎么做的,dssp我无法安装

我装的win版的groamcs,跟DSSP,然后配置下环境变量,就可以用啦
计算小菜鸡 发表于 Post on 2021-4-2 16:24:48

麻烦说一下,怎么做的,dssp我无法安装
好孩纸呀 发表于 Post on 2021-3-31 22:24:26
计算小菜鸡 发表于 2021-3-31 10:25
请问一下,你是怎么弄好的,windows还是linux,谢谢

windows 下的啊
计算小菜鸡 发表于 Post on 2021-3-31 10:25:33
好孩纸呀 发表于 2021-3-28 19:54
我弄好了 ,谢谢您呀

请问一下,你是怎么弄好的,windows还是linux,谢谢
好孩纸呀 发表于 Post on 2021-3-28 19:54:47
Acee 发表于 2021-1-31 19:10
如此看来应该是,你gromacs版本太高,在Linux系统下按照sob老师的教程安装2018.4版本的gromacs,再按照这个 ...

我弄好了 ,谢谢您呀
Acee 发表于 Post on 2021-1-31 19:10:32
如此看来应该是,你gromacs版本太高,在Linux系统下按照sob老师的教程安装2018.4版本的gromacs,再按照这个博文的内容安装dssp(http://bbs.keinsci.com/thread-14384-1-1.html)。即可使用dssp,亲测可用。
好孩纸呀 发表于 Post on 2020-12-7 11:44:42
sobereva 发表于 2020-12-6 14:25
自己电脑装个vmware虚拟机跑linux就完了,简单至极

VMware 15中安装CentOS 7.6 Linux系统的过程演示

谢谢老师
sobereva 发表于 Post on 2020-12-6 14:25:08
好孩纸呀 发表于 2020-12-5 22:11
老师,我们是租的服务器,公共文件夹不让放dssp,您说的VMD的timeline我用过,这里我用dssp是想得到ss ...

自己电脑装个vmware虚拟机跑linux就完了,简单至极

VMware 15中安装CentOS 7.6 Linux系统的过程演示
https://www.bilibili.com/video/av39555524/
GROMACS 2018.4在CentOS 7.6下的安装过程演示
https://www.bilibili.com/video/av39749252/
好孩纸呀 发表于 Post on 2020-12-5 22:11:57
sobereva 发表于 2020-12-5 22:05
用linux就完了
或者用VMD的timeline插件代替,更方便

老师,我们是租的服务器,公共文件夹不让放dssp,您说的VMD的timeline我用过,这里我用dssp是想得到ssdump.dat,然后用awk_ss.bsh脚本统计二级结构的概率来作图,搞了一天了,愁死我啦
sobereva 发表于 Post on 2020-12-5 22:05:45
用linux就完了
或者用VMD的timeline插件代替,更方便

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