求助—X particles communicated to PME node 2 are more than 2/3 times the cut-...

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发布时间: 2020-12-7 21:17

体系是80个聚合度20的聚异戊二烯熔体，一共有20960个原子。在用24个核跑时候出现了下图中的报错，请问下怎么解决呢？参数设置如下： dt & ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-12-17 09:37:16

Sasuke 发表于 2020-12-16 09:40
那如果设置nrexcle=3 然后我在[ pairs ]里定义1-4对相互作用设置[ defaults ]中的 gen-pairs=yes fudge ...

1-4作用和非键作用被gmx当做是两码事，nrexcle控制后者，[pairs]控制前者算哪些。

Sasuke 发表于 Post on 2020-12-16 09:40:49

sobereva 发表于 2020-12-10 19:36
nrexcle=3 代表不计算相隔

那如果设置nrexcle=3 然后我在[ pairs ]里定义1-4对相互作用设置[ defaults ]中的 gen-pairs=yes fudgeLJ=0.5 fudgeQQ=0.5 这样还会计算1-4相互作用么？nrexcle 和 paris有优先级嘛？

sobereva 发表于 Post on 2020-12-10 19:36:35

Sasuke 发表于 2020-12-10 11:47
社长我还想请教个问题如果我在 moleculetype 中设置nrexcle=3 这样的话是只屏蔽了例如下图中原子i和i+3 ...

nrexcle=3 代表不计算相隔<=3个键的非键作用，显然i和i+1、i+2的非键作用也不计算

sobereva 发表于 Post on 2020-12-7 21:31:14

如果刚开始就这样，很可能是崩了
通常不建议gen_vel=yes结合不是很低的温度，初始速度太大容易崩溃。应当先做能量极小化，然后从0K缓慢升温
亦有可能是模型问题，或者拓扑文件和参数有问题

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