求助：关于一个分子不同基团之间的径向分布函数的计算

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发布时间: 2020-12-8 10:09

各位老师好，看到一篇文献里如下图所示用GMX对一个结构的rdf进行了计算，他把一个分子分成Donor和Acceptor两部分，分别计算了：（1）体系中所有Donor和Acceptor基团间的rdf;（2）一个分子的Acceptor/Donor与其它分子 ...

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侧耳倾听 发表于 Post on 2020-12-9 09:08:44

sobereva 发表于 2020-12-9 03:30
1 把每个分子那两个部分分别定义成不同残基名，然后用res_com of resname xxx方式来选择叫xxx的残基的质心
...

好的，了解了，非常感谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2020-12-9 03:30:06

1 把每个分子那两个部分分别定义成不同残基名，然后用res_com of resname xxx方式来选择叫xxx的残基的质心
2 较大可能是作者自己写的分析代码或者借助其它轨迹分析库实现的，光靠gmx rdf应当实现不了
3 是。对

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