clark_yang 发表于 2020-12-13 18:12
谢谢sob老师，柔性扫描也是在隐式溶剂下进行么？

你要考虑溶剂下的势能面，就加溶剂模型

sobereva 发表于 2020-12-10 19:09
做个柔性扫描就彻底清楚了

谢谢sob老师，柔性扫描也是在隐式溶剂下进行么？

做个柔性扫描就彻底清楚了

zjxitcc 发表于 2020-12-10 10:55
不算白做。气相里已经找好的那些过渡态，加上隐式溶剂也会较快收敛，相当于有个不错的初始结构

上面结果就是用气相条件下寻找过渡态，然后在隐式溶剂下进一步优化，但是优化后的结果不呈现过渡态，而是稳态，因为木有虚频

clark_yang 发表于 2020-12-10 08:39
好的，多谢您，那我得重新在隐式溶剂下找过渡态了，前面工作等于白做了

不算白做。气相里已经找好的那些过渡态，加上隐式溶剂也会较快收敛，相当于有个不错的初始结构

冰释之川 发表于 2020-12-10 08:33
显然就应该这么做，还有一点需要注意，气相下找到了过渡态，在溶剂环境中不一定能定位到过渡态，反之亦然 ...

好的，多谢您，那我得重新在隐式溶剂下找过渡态了，前面工作等于白做了

clark_yang 发表于 2020-12-10 08:31
那是不是意味着以后我在找过渡态时，若是在溶剂中的反应，根本不需要在气相中找过渡态，直接在隐式溶剂中 ...

显然就应该这么做，还有一点需要注意，气相下找到了过渡态，在溶剂环境中不一定能定位到过渡态，反之亦然。

冰释之川 发表于 2020-12-10 08:28
调整初始结构、缩小优化步长不断尝试

那是不是意味着以后我在找过渡态时，若是在溶剂中的反应，根本不需要在气相中找过渡态，直接在隐式溶剂中找过渡态

调整初始结构、缩小优化步长不断尝试