这个我遇到过，原来步长0.002ps就会出现这种情况，后来我改成了0.001ps，就正常啦，后面也没有问题

模拟体系不稳定，可能原因极多。仔细观看模拟轨迹，看是否有显著异常。拓扑文件、mdp不合理都很容易造成这种问题，仔细反复检查。并且试图减小体系组成的复杂度再试，反复对比弄清楚原因。