sobereva 发表于 2021-1-5 13:13 好的好的，多谢老师的解答 |
byqyb 发表于 2021-1-4 16:25 不用管那个warning，一直都用Berendsen没问题，如果有审稿人说三道四到时候你就说PR压浴不稳定 |
byqyb 发表于 2020-12-18 22:14 贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html |
sobereva 发表于 2020-12-18 05:52 嗯嗯好的，谢谢老师。我加限制之后最小化和平衡都能正常跑，但成品MD提示如果要position restraint，建议将压力耦合方法换成berendsen，否则会导致震荡 但是换成berendsen之后，又出现下面这个warning： 想问一下sob老师，我应该直接用Parrinllo-Rahman的方法，忽略掉instabilities吗？还是应该怎么处理呢？我的体系一共73035个原子，是想md之后，做一下拉伸分子动力学。非常感谢老师帮我解答。 |
byqyb 发表于 2020-12-17 14:10 #ifdef POSRES这种#打头的叫预处理语句 ifdef代表if defined，当前define = -DPOSRES才会令#include "toppar/posre_bbp.itp"生效 |
sobereva 发表于 2020-12-17 10:22 老师，我include的位置是这样的 #include "toppar/BBP.itp" ; BBP position restraints #ifdef POSRES #include "toppar/posre_bbp.itp" #endif 您说的预处理语句是指 ; BBP position restraints吗？ |
sobereva 发表于 2020-12-17 10:22 好的，谢谢老师 |
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如果你在top里引入posre_bbp.itp的时候没用预处理语句，就根本不需要写define = -DPOSRES 如果引入了但是发现没起到效果，大概率是没include到正确的位置 没必要距离限制 |
| 看清楚板块再发贴，学术求助帖不得发到“资源分享”子版块，这次给你移动了，下次直接删帖处理 |
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