smutao 发表于 2018-4-26 21:27
有兴趣可以关注一下这个工作
doi:10.1021/acs.jctc.7b01171

谢谢 拜读大作

有兴趣可以关注一下这个工作
doi:10.1021/acs.jctc.7b01171

beefly 发表于 2017-12-6 07:25
你的键角力常数是如何定义的？力场程序给的公式是d^2E/dA^2，但是一些很老很经典的书上，还要把上面的公 ...

是用的能量对角度(rad)的二阶导。Amber力场文件里(parm99.dat, gaff.dat)也是同样的单位。
你说的那种做法，考虑的是 A-B-C键里A/C原子沿垂直A-B/B-C键方向的位移 (dL)，此时的力常数定义是能量对该位移的二阶导(d^2E/dL^2)。它和对角度的二阶导的换算差了一个r^2（因为r*d\theta = dL）。
另外这种做法因为有A/C两边同时要考虑，要求一个平均值。我见过Seminario方法里用的是调和平均值，大概就是这个吧。

smutao 发表于 2017-12-6 00:05
你们老板好像来我们这找工作了

what他才跳槽到香港刚刚快满一年……

KiritsuguPapa 发表于 2017-11-20 09:39
做MM模拟有时缺少一些参数（含金属的经常缺），这个方法是用于确定键长/键角/二面角参数的。我们拟合的目 ...

你的键角力常数是如何定义的？力场程序给的公式是d^2E/dA^2，但是一些很老很经典的书上，还要把上面的公式再除以两个相邻边的键长。优点是与键长单位一致，缺点是无法推广到其他的角度，比如二面角、各种内坐标相位角的力常数

你们老板好像来我们这找工作了

smutao 发表于 2017-11-23 11:01
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.7b00785
和你的工作有点类似

嗯 也刚看到，他改进了一下很早的一个Seminario方法（我们文章里和Sem做过对比）。
不过我觉得键长键角项的参数再做努力意义不大。现在做参数的难点主要是二面角和非键项。

http://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.7b00785
和你的工作有点类似

smutao 发表于 2017-11-18 01:39
可以谈谈你最近的jcc上的文章介绍的方法的实际用途吗？我读了 没太懂 谢谢

做MM模拟有时缺少一些参数（含金属的经常缺），这个方法是用于确定键长/键角/二面角参数的。我们拟合的目标是QM计算的Hessian矩阵，也就是找一组参数来最佳的reproduce QM的Hessian。这对于键长和键角项应该都是不错的，但对于二面角应用有限（文章末尾有叙述）。

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.25100/full

可以谈谈你最近的jcc上的文章介绍的方法的实际用途吗？我读了 没太懂 谢谢

smutao 发表于 2017-11-14 23:45
ruixing wang?

是我

ruixing wang?

sobereva 发表于 2015-11-12 21:27
1 Gaussian能通过pop=MK直接得到MK电荷，RESP电荷需要Gaussian结合Ambertools里的antechamber。

2 HF和D ...

谢谢sob老师的回答。
关于低频误差大，我想是因为方法本身的问题。我们的方法只考虑了平衡构型，并选该构型的其他性质一起做拟合。对键长和键角因为是简单的简谐函数，而且考虑的范围小，还比较准确；在二面角项时因为有非键作用和二面角项的耦合，二面角项的“平衡位置”（cos的最低点）并不在耦合后的平衡构型上，只有一个点就不太好了。
以上，再次谢谢sob老师

1 Gaussian能通过pop=MK直接得到MK电荷，RESP电荷需要Gaussian结合Ambertools里的antechamber。

2019-May-15补充：用ambertools计算RESP电荷的做法已经完全过时，目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度快速、灵活和方便，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

2 HF和DFT计算耗时基本一样，之所以用HF是因为HF没有考虑电子相关作用，这会导致高估键的极性。而水溶剂效应本身也会极化溶质的电荷分布使键的极性增加，因此用HF在气相下拟合RESP电荷，可以等效地反映出水溶剂的这个效应。

3 是

低频误差大可能是你拟合的时候没有考虑二面角的耦合，而只是做了单独拟合。低频模式普遍是由大量二面角耦合而成的。像是paramfit等程序，拟合的时候是把所有要拟合的参数放在一起，取一大堆随机结构来拟合能量差，这样等效地把内坐标之间的耦合考虑进去了。