md模拟失败，但是找不到失败的原因，不知道应该怎么修改步骤

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发布时间: 2020-12-17 15:39

本帖最后由 karme 于 2020-12-17 16:03 编辑对蛋白和配体进行了md模拟（gromacs前已经进行了对接，对接结果有多个氢键，结合能也还行），结果却十分不理想，甚至是失败，我的步骤是根据gromacs tutorial上做的 ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-12-18 06:54:41

你的描述里完全没体现“md模拟失败”到底是怎么失败

如果是配体跑出去了，原因极多，诸如小分子的拓扑信息和原子电荷有问题，与配体作用残基的质子化态考虑不当，初始结构太差，等等

用VMD好好看看轨迹弄清楚到底发生了什么，比贴一大堆抽象的图有意义得多

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