分子内相互作用的作用能如何计算

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发布时间: 2020-12-17 22:05

老师，有个难题需要请教您，做的一个关于分子内的若相互作用，但我的结构中有两个或三个相互作用的位点。他们之间的作用能如何计算呢？本想参考本网站内的分子内氢键键能的计算方法http://sobereva.com/522，但网站 ...

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lao7 发表于 Post on 2020-12-19 19:12:04

基于索引ndx的分组，然后gmx energy命令，会提示你用那两组之间的键能信息。

枕上卢生 发表于 Post on 2020-12-19 10:08:23

利用 counterpoise=2来分片段进行计算吗？老师，能提供一下具体办法计算方法吗？

sobereva 发表于 Post on 2020-12-19 09:32:40

枕上卢生发表于 2020-12-18 10:16
老师，我想算的是末端O原子或者N原子与中心B、Ga之间的相互作用的作用能。

当前情况明显可以通过切割片段来实现计算

枕上卢生 发表于 Post on 2020-12-18 10:17:56

snljty 发表于 2020-12-17 22:40
卢老师的这两篇博文，看过了嘛？
《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》
http://sobereva.com/46

您好，我算的是分子内的相互作用

renlangfen 发表于 Post on 2020-12-18 08:24:08

每个都算下，看哪个低呗

sobereva 发表于 Post on 2020-12-18 06:42:40

说清楚到底要算当前分子里哪个片段间的相互作用
上传out文件莫名其妙，对于别人理解当前问题没有直接帮助，下载文件用gview看还麻烦，而且还浪费服务器空间。直接贴个示意图多好

snljty 发表于 Post on 2020-12-17 22:40:14

卢老师的这两篇博文，看过了嘛？
《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》
http://sobereva.com/46
《在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子》
http://bbs.keinsci.com/thread-16585-1-1.html

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