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关于[atomtypes]各列内容的定义次序疑问

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jimulation

发布时间: 2020-12-19 10:22

正文摘要:

在oplsaa力场中，[atomtypes]中各列的次序是name、bond_type、atnum、mass、charge、ptype、sigma、epsilon，可见后面五列的内容和次序都是完全一致的，区别在前三列，有的没有原子序数列，有的没有键类型列 ...

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科研小白0126 发表于 Post on 2024-9-12 16:41:43

JCenter 发表于 2024-9-9 15:36
哪里没有，你确定你认真找了吗。/share/gromacs/top/oplsaa.ff目录下的ffnonbonded.itp拓扑文件写的明明 ...

谢谢是我粗心了，确实在这里。感谢解惑

JCenter 发表于 Post on 2024-9-9 15:36:42

科研小白0126 发表于 2024-9-6 17:39
您好我想请问一下为什么我在我的gromacs里面的oplsaa力场里面找不到atomtypes这个信息，他只有分子种类

哪里没有，你确定你认真找了吗。/share/gromacs/top/oplsaa.ff目录下的ffnonbonded.itp拓扑文件写的明明白白。

科研小白0126 发表于 Post on 2024-9-6 17:39:39

JCenter 发表于 2024-7-10 16:38
您好，我想请教下，at.num或bond_type具有的作用是什么，二者留哪一个都可以吧

您好我想请问一下为什么我在我的gromacs里面的oplsaa力场里面找不到atomtypes这个信息，他只有分子种类

JCenter 发表于 Post on 2024-7-10 16:38:16

liuyuje714 发表于 2020-12-19 11:43
判断依据是，如果第六列是单字符(比如opls)，则断定有原子序号和键类型；否则如果第四列为单字符，则原子序 ...

您好，我想请教下，at.num或bond_type具有的作用是什么，二者留哪一个都可以吧

jimulation 发表于 Post on 2020-12-19 11:53:05

liuyuje714 发表于 2020-12-19 11:43
判断依据是，如果第六列是单字符(比如opls)，则断定有原子序号和键类型；否则如果第四列为单字符，则原子序 ...

明白了，感谢感谢

liuyuje714 发表于 Post on 2020-12-19 11:43:08

本帖最后由 liuyuje714 于 2020-12-19 11:44 编辑

判断依据是，如果第六列是单字符(比如opls)，则断定有原子序号和键类型；否则如果第四列为单字符，则原子序号和键类型都没有；否则如果第二列是字符串(非数字)，则断定有键类型，没有原子序号，如果是数字，则断定没有键类型，有原子序号。
注意我说的上面每个分号是一类，互斥。

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Graphite	+ 5	非常有用的常识盲区！
tjuptz	+ 3
snljty	+ 5	谢谢分享
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