计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

进行grompp时警告,不知道是否忽视+mdrun时怎么能跑满20线程

查看数: 11553 | 评论数: 4 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2020-12-19 15:28

正文摘要:

本帖最后由 karme 于 2020-12-19 15:33 编辑 1.进行grompp生成itp文件时,会发出warning,内容如下: #Too few parameters on line (source file   /home/lyc/gromacs/gromacs-2020.4/src/gromacs/gmx ...

回复 Reply

jim 发表于 Post on 2024-1-4 11:35:12
UTM 发表于 2022-4-21 09:08
请问toppush.cpp这个文件是在哪找到的?提示信息里给的路径根本不存在啊

在gromacs里面有,toppush.cpp,  line 1039上下几行信息应该为:
if (nread < nral_fmt)
    {
        too_few(wi);
        return;
    }
只是不知道这个too few指代的什么?是只itp文件中[ atomtypes ]中的charge为0?还是其他信息,不得而知。
UTM 发表于 Post on 2022-4-21 09:08:03
请问toppush.cpp这个文件是在哪找到的?提示信息里给的路径根本不存在啊
karme 发表于 Post on 2020-12-20 12:24:38
sobereva 发表于 2020-12-20 00:57
2 如果你明确知道你在做什么,就不用管

3 GPU加速时CPU能干的事本来就少,尤其是如今的版本把倒易空间计 ...

谢谢老师指导
sobereva 发表于 Post on 2020-12-20 00:57:03
2 如果你明确知道你在做什么,就不用管

3 GPU加速时CPU能干的事本来就少,尤其是如今的版本把倒易空间计算部分安排给了GPU
如果CPU核非常多,要求倒易空间部分划给CPU来做有可能性能倒更高,看DOI: 10.1002/jcc.26011的图8的实线和虚线对比

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 15:09 , Processed in 0.168534 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list