sobereva 发表于 2020-12-22 02:11
可以
键角弯曲项可以自己拟合

好的，感谢sob老师

万年流星 发表于 2020-12-21 16:32
以后会注意的，那对于没有的角度参数，可以优化结构后，自己计算吗？如果可以，要怎么计算？

可以
键角弯曲项可以自己拟合

苏玖染 发表于 2020-12-21 16:35
cro文件来源于该制作非标准残基的教程
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/index.htm

感谢师兄

万年流星 发表于 2020-12-21 08:37
使用amber做非标准残基时，使用parmchk2 -i XXX.prepin -f prepi -o XXX.cro -a Y，输出cro文件
和parmc ...

cro文件来源于该制作非标准残基的教程
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/index.htm

第二列和第三列对应键角方程里面的θ和k

在对应力场的.dat里面找

sobereva 发表于 2020-12-21 13:52
不要用一些不符合习俗的后缀，否则会引起误会
看http://ambermd.org/FileFormats.php#frcmod

以后会注意的，那对于没有的角度参数，可以优化结构后，自己计算吗？如果可以，要怎么计算？

万年流星 发表于 2020-12-21 08:37
使用amber做非标准残基时，使用parmchk2 -i XXX.prepin -f prepi -o XXX.cro -a Y，输出cro文件
和parmc ...

不要用一些不符合习俗的后缀，否则会引起误会
看http://ambermd.org/FileFormats.php#frcmod

没听说过cro文件，怎么来的？