LJ势中σ、ε的含义以及关于原子半径的疑问

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发布时间: 2020-12-22 23:29

阅读了社长写的区分各种原子半径的博文http://sobereva.com/255，结合GMX的使用过程，对LJ势函数有两个疑问：第一，σ是LJ势为0时的原子间距离，这一距离与博文中讲的原子半径有何关系？第二，ε(势阱深度 ...

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xiaoruoqiu 发表于 Post on 2022-8-30 15:29:39

求证一个基础问题，写在itp文件里的，是公式（1）中的σ，还是公式（2）中的rmin?

ocbrother 发表于 Post on 2020-12-24 15:05:52

sobereva 发表于 2020-12-24 12:24
有没有2对应不同情况
有2时分子对应势阱极小点距离，没2时对应作用势为0的距离

谢谢老师。已经确认过是书上错了

sobereva 发表于 Post on 2020-12-24 12:24:30

ocbrother 发表于 2020-12-23 10:28
我推了一下确实是等价的，可是书上写的是没有2的。。
应该是书上错了。。。

有没有2对应不同情况
有2时分子对应势阱极小点距离，没2时对应作用势为0的距离

ocbrother 发表于 Post on 2020-12-23 10:28:01

jimulation 发表于 2020-12-23 10:25
是的，可以等价转化的

我推了一下确实是等价的，可是书上写的是没有2的。。
应该是书上错了。。。

jimulation 发表于 Post on 2020-12-23 10:25:29

ocbrother 发表于 2020-12-23 10:08
请问你这里的两个计算VDW相互作用的公式是等价的吗。
为什么第二个公式变成了-2

是的，可以等价转化的

ocbrother 发表于 Post on 2020-12-23 10:08:51

请问你这里的两个计算VDW相互作用的公式是等价的吗。
为什么第二个公式变成了-2

jimulation 发表于 Post on 2020-12-23 09:57:55

sobereva 发表于 2020-12-23 08:17
1 这得看什么原子半径。大多数原子半径的定义和sigma并无关系
UFF的范德华半径对应的是UFF力场的同种元素 ...

谢谢社长的回复，大致明白了，我再理解下

sobereva 发表于 Post on 2020-12-23 08:17:30

1 这得看什么原子半径。大多数原子半径的定义和sigma并无关系
UFF的范德华半径对应的是UFF力场的同种元素间LJ势的r_min的一半

2 有的力场对于同种元素的不同原子类型用不同的范德华参数，这和实际环境中原子带的电子数有密切关系。

没有简单的、普适的粗略估计方法。

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