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基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱

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发布时间: 2020-12-23 14:01

正文摘要:

基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱Calculating absorption spectrum of a molecule in crystal environment based on background charges 文/Sobereva@北京科音  2020-Dec-23 1 前言 ...

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wwws 发表于 Post on 2024-2-14 17:33:17
社长好,我想知道用这个方法计算晶体的吸收光谱和直接用CP2K计算晶体的吸收光谱有什么区别。
rendong 发表于 Post on 2021-12-20 11:20:25
本帖最后由 rendong 于 2021-12-20 11:42 编辑

老师好,我用文中“getCHELPG.sh”脚本得到的bkchg.txt文件中,发现有时坐标(x y z)数字间缺少空格,我找了一下规律,如果y的值是负数且整数部分有两位时,x和y之间没有空格。比如坐标和电荷为(-10.434466 -10.564429 1.324336 0.059337)在bkchg.txt文件中是(-10.434466-10.564429 1.324336 0.059337)想请教老师需要如何修改脚本,谢谢您
补充:重新检查了一遍只有一个数据有这种情况,可能是我有什么地方搞错了,我先自己再找找原因
annaqz 发表于 Post on 2021-11-2 12:02:53
sobereva 发表于 2021-11-2 11:13
看此文了解脚本编写常识
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612(htt ...

好的,我去看一下。谢谢社长
sobereva 发表于 Post on 2021-11-2 11:13:19
annaqz 发表于 2021-11-1 15:26
社长,如何利用文中给的template模板,和http://sobereva.com/258中脚本,批量产生fch文件呢?

看此文了解脚本编写常识
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html
annaqz 发表于 Post on 2021-11-1 15:26:54
sobereva 发表于 2020-12-24 11:52
那些专门做嵌入方法的人用的模型比起本文的做法复杂很多,目的也不同。据我所了解,没有公开的且直接能与 ...

社长,如何利用文中给的template模板,和http://sobereva.com/258中脚本,批量产生fch文件呢?
annaqz 发表于 Post on 2021-10-31 17:41:30
我好像明白了。可能我的初始文件有点问题,我修改一下
annaqz 发表于 Post on 2021-10-31 17:39:02
社长,问一下,这个splitwhole小程序,在windows下运行,双击启动,输入gjf路径后回车,直接退出了。。。请问这样操作不对吗?应该是怎么操作呢?
snljty 发表于 Post on 2021-7-6 09:25:19
xxzj 发表于 2021-7-5 09:20
老师,还想请问一个问题,如果想计算二聚体间的转移积分,是不是还需要将从晶体结构中取出的二聚体进行优 ...

固定其他原子,把氢优化一下就行。氢XRD测不准。
sobereva 发表于 Post on 2021-7-6 07:55:30
xxzj 发表于 2021-7-5 09:20
老师,还想请问一个问题,如果想计算二聚体间的转移积分,是不是还需要将从晶体结构中取出的二聚体进行优 ...

如果你是考察晶体环境的,不需要,而且也不应该
xxzj 发表于 Post on 2021-7-5 09:20:30
sobereva 发表于 2021-7-3 04:09
这种事手动都可以实现
弄个超胞,把二聚体周围的其它单体分子只保留一圈,删掉其它的就完了

老师,还想请问一个问题,如果想计算二聚体间的转移积分,是不是还需要将从晶体结构中取出的二聚体进行优化呀,谢谢老师
xxzj 发表于 Post on 2021-7-5 08:11:15
sobereva 发表于 2021-7-3 04:09
这种事手动都可以实现
弄个超胞,把二聚体周围的其它单体分子只保留一圈,删掉其它的就完了

知道啦,谢谢老师
sobereva 发表于 Post on 2021-7-3 04:09:11
xxzj 发表于 2021-7-2 15:49
老师,我想研究二聚体,能否有方法可以合理的从晶体堆积结构中取出二聚体构型,然后进行优化与应用?

这种事手动都可以实现
弄个超胞,把二聚体周围的其它单体分子只保留一圈,删掉其它的就完了
xxzj 发表于 Post on 2021-7-2 15:49:21
老师,我想研究二聚体,能否有方法可以合理的从晶体堆积结构中取出二聚体构型,然后进行优化与应用?

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