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求助电子自旋密度回转半径的计算

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发布时间: 2020-12-23 17:44

正文摘要:

大家好,我现在有一个体系的自旋密度cube文件,其中包括一个单电子。通过VMD观测,该电子游离在溶液中(即溶剂化电子),不依附于任何分子或者原子。 我的问题是,不知道怎么计算该单电子的自旋密度回转半径(Rad ...

回复 Reply

haibeih 发表于 Post on 2021-8-24 09:00:35
zjxitcc 发表于 2021-8-23 10:55
你这问题不一定要算回旋半径吧,可能波函数的值就能体现出你要的结果。高斯单点计算的输出文件里就有,搜
...

谢谢您的建议,我会看看的!
haibeih 发表于 Post on 2021-8-24 09:00:13
sobereva 发表于 2021-8-24 06:29
我用目前官网上最新版Multiwfn算你的体系没发现结果有任何问题

谢谢sobereva老师,我用最新的3.8版本计算成功了。以前是3.6的版本.

再次感谢您!谢谢!
sobereva 发表于 Post on 2021-8-24 06:29:13
haibeih 发表于 2021-8-23 08:51
老师您好,fchk文件如下:

https://pan.baidu.com/s/1Ht3RpGm5KxEF9Bp8egPTag

我用目前官网上最新版Multiwfn算你的体系没发现结果有任何问题



如果不是最新版先用最新版再试。如果你那里用最新版还是不出结果,把Multiwfn启动后输出的所有信息复制到文本文件里上传我看看。
zjxitcc 发表于 Post on 2021-8-23 10:55:43
你这问题不一定要算回旋半径吧,可能波函数的<r^2>值就能体现出你要的结果。高斯单点计算的输出文件里就有,搜
Electronic spatial extent (au):  <R**2>
haibeih 发表于 Post on 2021-8-23 08:51:02
sobereva 发表于 2021-8-23 04:58
fchk压缩后上传,如果超过5MB,传网盘

老师您好,fchk文件如下:

https://pan.baidu.com/s/1Ht3RpGm5KxEF9Bp8egPTag
提取码:g0wx

麻烦您帮忙看一下,实际上这种小结构的计算一直不能得到回转半径,而其他稍微大一些的结构是可以成功的,所以我不知道计算回转半径是否和体系复杂程度有关,或者是我安装的Multiwfn出现错误。

谢谢您!
sobereva 发表于 Post on 2021-8-23 04:58:40
fchk压缩后上传,如果超过5MB,传网盘
sobereva 发表于 Post on 2021-8-21 13:10:26
haibeih 发表于 2021-8-21 10:42
老师您好,我最近尝试用Gaussian得到的fchk文件,在Multiwfn中计算电子自旋密度的Radius of  ...

完全是乱用关键词
density scfcyc=84048 通通去掉,仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html

甭写毫无意义的NonEquilibrium=save

还有问题之后再说,先把关键词弄像话
haibeih 发表于 Post on 2021-8-21 10:42:02
sobereva 发表于 2020-12-24 14:22
Multiwfn(http://sobereva.com)的主功能200的子功能11就能算任意函数的回转半径。详见手册3.200.11节
如 ...

老师您好,我最近尝试用Gaussian得到的fchk文件,在Multiwfn中计算电子自旋密度的Radius of gyration。
按照手册200.11下
3 // Select real space function

5 // Spin density
2 // Calculate center of spin density
y // Take the resultant center as the one for evaluating the first and second moments
1 // Evaluate the first and second moments
的顺序输入。

但是计算 “2 // Calculate center of spin density“ 的时候却显示:
The center of the function:
X=             NaN Y=             NaN Z=             NaN Angstrom

于是1//计算不出结果。手动指定center也不行。

我的结构非常简单,就是4个水分子包含一个电子:

%chk=B3LYP-6-31G.chk
%nprocshared=36
%mem=110GB
#p B3LYP/6-311++G(d,p) density scfcyc=84048 SCRF(Read,NonEquilibrium=save)

H2O

-1 2
H                  2.98830449    5.62223827    2.33601300
H                  2.40557049    5.63954327    3.79999600
H                  0.11752149    3.88720527    4.10528200
H                 -1.04117451    3.97109727    3.02427200
H                  2.47704849    3.19800527    5.05255400
H                  2.32920049    1.64806127    5.39000600
H                  2.09896649    4.33563427    7.81198100
H                  1.50720449    5.08163927    6.58030200
O                  1.53391449    5.10797327    7.56970700
O                  2.99695549    2.37337627    5.28636200
O                  2.95369349    6.14891827    3.15913900
O                 -0.39411051    3.35525827    3.44486400

Eps=3.2


是不是我的结构太小了,还是settings.ini里面需要设置什么参数?

谢谢您!
haibeih 发表于 Post on 2020-12-25 17:23:16
sobereva 发表于 2020-12-24 14:22
Multiwfn(http://sobereva.com)的主功能200的子功能11就能算任意函数的回转半径。详见手册3.200.11节
如 ...

谢谢您!很有帮助!
sobereva 发表于 Post on 2020-12-24 14:22:10
Multiwfn(http://sobereva.com)的主功能200的子功能11就能算任意函数的回转半径。详见手册3.200.11节
如果你有Multiwfn可以认的波函数文件,诸如wfn、molden、fch等,建议以此作为输入文件让Multiwfn直接计算自旋密度,这样精度最好
如果只有cube文件,把Multiwfn的settings.ini设为-1(让用户自定义函数对应于cube文件插值得到的函数),然后用Multiwfn载入cube文件,进入上述功能,选择"3 Select the function to be studied"并选择100 User-defined function作为被计算的函数。然后选1开始计算。

注意如果cube文件对应非正交格子,Multiwfn目前版本在不支持用于以上功能

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