虽然理解不了，可是大概知道是什么原因里 应该是热浴的的原因NTT=3 因为我换里不同的igb 都会出现这些突刺所以也不是偶然出现，
谢谢Sob的解答

tbw@zyc 发表于 2015-11-13 09:41
我也想过，可是在显水下计算蛋白折叠部分会是GB好几倍的计算时间，
还有升温阶段的突刺是什么现象，实在理 ...

可以尝试其它热浴。
可能只是很偶然的数值问题，原因不好说，但如果轨迹依然是连续的可以不用管它。

我也想过，可是在显水下计算蛋白折叠部分会是GB好几倍的计算时间，
还有升温阶段的突刺是什么现象，实在理解不了为什么存在比预设温度偏很高的点，这个是计算的偏差可以忽略吗？

GB溶剂模型和explicit water模型差距很大 后者的情况里面水会防止底物逃逸出去

不是那个电荷问题。而且没用PBC，也不需要中和。

估计还是力场设定可能有疏漏。也可以先用显式水模型跑跑看。

光从图上不好说，应该观看轨迹，看看到底小分子是怎么离开蛋白的，是自发跑出去了还是怎么回事。
运行参数没明显问题，如果小分子就是莫名其妙自发跑出去，多半是力场有问题。