新手求助关于amber动力学模拟的问题

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发布时间: 2020-12-23 23:51

各位老师好，想请教一个问题，我通过packmol建模成功跑完了NPT系综下的动力学模拟，用cpptraj提取了平衡段密度与真实体系最接近的一帧构型的坐标，想代替packmol搭建的初始构型重新进行升温再跑MD，结果报错，如图所 ...

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任嘉人amber 发表于 Post on 2020-12-24 22:51:01

sobereva 发表于 2020-12-24 13:32
ntx=1没有利用rst文件里的速度信息。改成=5，基于rst里之前的速度继续跑

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2020-12-24 13:32:38

ntx=1没有利用rst文件里的速度信息。改成=5，基于rst里之前的速度继续跑

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