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为什么acpype脚本处理不了带负离子的小分子?

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发布时间: 2021-1-2 21:30

正文摘要:

之前用acpype脚本处理了一个中性小分子,得到了一个目录,里面含有需要的文件,处理的很成功。 后来用acpype脚本处理带一个负电荷的小分子,就行不通了,小白实在是不知道该怎么办,求大神指教。 附上小分子结构图 ...

回复 Reply

牧生 发表于 Post on 2021-1-4 11:18:02
黑择明 发表于 2021-1-4 10:45
嗯嗯好的,我看了您之前的帖子。我最近也在做一个十二烷基苯磺酸负离子的表面活性剂自组装,请问您当时做 ...

当然需要加离子保持电中性。
黑择明 发表于 Post on 2021-1-4 10:45:48
牧生 发表于 2021-1-4 07:01
我想做的是表面活性剂自组装。

看我问过的那几个帖子,一定可以行得通的。

嗯嗯好的,我看了您之前的帖子。我最近也在做一个十二烷基苯磺酸负离子的表面活性剂自组装,请问您当时做的时候有没有在水盒子里加离子中和整个体系?
牧生 发表于 Post on 2021-1-4 07:01:56
本帖最后由 牧生 于 2021-1-4 07:02 编辑
黑择明 发表于 2021-1-3 18:40
嗯嗯  我看到了你之前提问的“关于两种小分子的itp文件include 到一个top文件里面,并进行能量最小化”的 ...

我想做的是表面活性剂自组装。

看我问过的那几个帖子,一定可以行得通的。
黑择明 发表于 Post on 2021-1-3 18:40:01
牧生 发表于 2021-1-3 14:46
http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
使用在线转化,指派电荷方法为user  ,填-1

嗯嗯  我看到了你之前提问的“关于两种小分子的itp文件include 到一个top文件里面,并进行能量最小化”的问题,我下载了你的小分子文件,发现和我做的很像,可不可以加个微信或者qq咨询一下!
黑择明 发表于 Post on 2021-1-3 18:38:41

好的好的,我已经用在线的网站处理了,十分感谢您的解答!
FMGwenyanhoon 发表于 Post on 2021-1-3 14:57:27
牧生 发表于 2021-1-3 14:46
http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
使用在线转化,指派电荷方法为user  ,填-1

个人感觉好像和任务提交时间有关。有的时候晚上提交第二天才能看到结果。白天提交可能秒出。猜测也许晚上西方国家的人也开始工作了?不过也说不好,有的时候晚上提交也秒出。不是很清楚
牧生 发表于 Post on 2021-1-3 14:46:43
http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
使用在线转化,指派电荷方法为user  ,填-1

其实我觉得在线的速度也不错。并不会排队太久
snljty 发表于 Post on 2021-1-2 22:10:30
加上-n -1试试

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