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关于amber隐水下MD的现象的疑惑？

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tbw@zyc

发布时间: 2015-11-14 21:47

正文摘要:

如图，特意没有设置ig=-1 发现蛋白会沿着一个方向移动（还有CL-) 一下是MD参数 Stage 2 equilibration 1 0-5ns,do 50ns &cntrl imin=0, irest=1, ntx=5, nstlim=2500000 ...

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sobereva 发表于 Post on 2015-11-22 12:18:51

tbw@zyc 发表于 2015-11-22 12:10
Sob老师，按您的意思，即使是带电体系在GB模型下得到的能量结果和显水模型下的PBC也不会太大差距？

不是。GB下精度肯定不如显式溶剂模型下的（前提是MD跑的足够长）。GB下动力学模拟的轨迹也不如显式溶剂模型的可靠。

tbw@zyc 发表于 Post on 2015-11-22 12:10:23

Sob老师，按您的意思，即使是带电体系在GB模型下得到的能量结果和显水模型下的PBC也不会太大差距？

sobereva 发表于 Post on 2015-11-21 21:21:15

tbw@zyc 发表于 2015-11-21 20:04
” Born方程是指在某种介电常数ε的溶剂中，使其中半径为a的粒子带上q电荷所引起自由能的改变为0.5*q^2/ε/ ...

ε是溶剂的特征，体现在你GB设定里，这和加不加Cl-完全无关。
GB非周期计算体系带+4电荷并无关系，因为用了GB模型描述水的时候，离子与蛋白的静电作用很大程度就抵消掉了，而且溶剂对电离态的蛋白的稳定化作用也已经充分体现了。在显式溶剂模型下模拟的时候，Cl-也不是一直粘在蛋白上而是经常四处乱跑的。PBC时必须加抗衡离子是因为不中和掉体系电荷没法以ewald/PME方式计算静电作用。

tbw@zyc 发表于 Post on 2015-11-21 20:04:41

” Born方程是指在某种介电常数ε的溶剂中，使其中半径为a的粒子带上q电荷所引起自由能的改变为0.5*q^2/ε/a“，这是您以前发过对GB概念描述的贴子，http://sobereva.com/42 “非周期性的隐式溶剂模型计算时没这个必要。" 是说这几个CL-对常数ε没多大影响所以不予考虑吗？
可是不加的话我体系不就成带4库伦的电场体系了，这和实际不符合，不和理，请sob老师详细讲解下为什么没必要？

sobereva 发表于 Post on 2015-11-21 02:08:36

只有PBC计算才是要求必须把体系电荷平衡掉的，否则程序无法算。非周期性的隐式溶剂模型计算时没这个必要。你可以先尝试不加Cl模拟一下看看还是否平移。
由于有了隐式溶剂模型，蛋白和Cl-的静电相互作用很弱，而且起始温度又高，很可能吸引不住Cl-，导致自发地越跑越远。虽然设了消平动，但那是对于整个体系而言的。

tbw@zyc 发表于 Post on 2015-11-20 20:57:41

抱歉出差去了，现在才看到回帖
不是5个蛋白是取的每5ns 最后一帧的图像，能请教"CL-作为抗衡离子，隐式溶剂模型下不用加"的原因吗？

sobereva 发表于 Post on 2015-11-14 23:12:05

怎么有5个蛋白？
加Cl-的目的是什么？如果是作为抗衡离子，隐式溶剂模型下不用加它。
消除平动是对于整体而言的，所以依然可以分离得很远。

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