请问大家如何使用gromacs进行隐式溶剂模型的模拟呀？

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发布时间: 2021-1-11 17:34

各位如题奥，我在跑一段100 aa. 左右的蛋白质模拟，想用隐式溶剂模型，但是进行能量极小化的时候报错惹 steep.mdp设置如下： ; steep.mdp integrator &nb ...

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BBBcf 发表于 Post on 2021-1-16 13:42:52

sobereva 发表于 2021-1-12 07:38
GB模型跑蛋白质动力学很容易被质疑，而且gmx的GB模型支持的也都是比较老的，不建议你尝试折腾这个。真要想 ...

嗯嗯，多谢老师解答，我试试用amber跑

sobereva 发表于 Post on 2021-1-12 07:38:12

GB模型跑蛋白质动力学很容易被质疑，而且gmx的GB模型支持的也都是比较老的，不建议你尝试折腾这个。真要想用GB模型的话建议你用amber，支持较新也更好的GB模型，而且GPU加速跑GB模型的动力学很快。

BBBcf 发表于 Post on 2021-1-11 17:54:46

liuyuje714 发表于 2021-1-11 17:38
2019版本开始就已经把隐式溶剂剁了，你要用只能使用2018和之前版本的gromacs

天呐，没想到那么早就砍掉惹！还是谢谢大佬解答～

liuyuje714 发表于 Post on 2021-1-11 17:38:56

2019版本开始就已经把隐式溶剂剁了，你要用只能使用2018和之前版本的gromacs

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