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求助gaussian用qst2寻找乙烯醇→乙醛的过渡态时遇到的问题

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发布时间: 2021-1-13 00:18

正文摘要:

利用opt=qst2寻找乙烯醇→乙醛的过渡态。请问再优化玩反应物和产物后,该如何把这两个物质做成一个gjf呢?就是下面这张图是怎么来的,里面反应物和产物的坐标信息是在之前单独优化好的out文件里面找么?是不是需要再 ...

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wzkchem5 发表于 Post on 2021-1-13 13:16:56
fdy哈哈哈 发表于 2021-1-13 09:43
谢谢sob老师的答复,还有一个问题想请教一下老师,在第二帧中将结构调整为产物时,需要删减多余的原子吗 ...

必须让氢原子的数目和位置和你预期的数目和位置完全一致。
实际上连双键都不是必需的,但是删掉那个氢原子是必需的。换句话说,你画乙醛分子,把C=O画成单键,丝毫不影响计算,但是如果O上的H没有删掉,那么即使你的C=O确实画成了双键,也和画成单键一样是错的。
参见http://sobereva.com/414,仔细阅读、完全理解后再来回帖
北大-陶豫 发表于 Post on 2021-1-13 10:14:12
fdy哈哈哈 发表于 2021-1-13 09:43
谢谢sob老师的答复,还有一个问题想请教一下老师,在第二帧中将结构调整为产物时,需要删减多余的原子吗 ...

为什么会有多余的氢原子?
fdy哈哈哈 发表于 Post on 2021-1-13 09:43:35
sobereva 发表于 2021-1-13 07:54
你既然用QST2干嘛还画过渡态的模型
相关基本知识看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3

谢谢sob老师的答复,还有一个问题想请教一下老师,在第二帧中将结构调整为产物时,需要删减多余的原子吗?比如说乙烯醇调整为乙醛,连上双键后需要把多余的氢原子删掉吗?
sobereva 发表于 Post on 2021-1-13 07:54:24
你既然用QST2干嘛还画过渡态的模型
相关基本知识看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html

操作看我培训班的幻灯片


你自己把反应物和产物的坐标手动合并成QST2输入文件的格式也可以。

PS:我很反感某些低水平教程里举例时拿HF当理论方法,这会导致初学者上当。

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