计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › Ubuntu系统及MD软件安装流程

Ubuntu系统及MD软件安装流程

查看数: 20856 | 评论数: 8 | 收藏 Add to favorites 13

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

YZH_jesse

发布时间: 2021-1-13 20:08

正文摘要:

本帖最后由 YZH_jesse 于 2021-2-8 00:26 编辑 Ubuntu系统及MD软件安装流程最近几天一直在系统和软件的重装上左右横跳，往往是每重装一个软件我都要重新上网查一次教程，于是想着不如干脆自己写一个软件安 ...

回复 Reply

YZH_jesse 发表于 Post on 2022-11-30 17:01:32

天南海北发表于 2022-11-26 11:59
请问移动硬盘系统装好后，在其他电脑启动时电脑里要预先装什么引导程序么？

按我的经验来说是不需要的，但在启动之前需要在bios里面调一下启动的优先级

天南海北 发表于 Post on 2022-11-26 11:59:37

请问移动硬盘系统装好后，在其他电脑启动时电脑里要预先装什么引导程序么？

YZH_jesse 发表于 Post on 2021-1-15 22:59:16

abin 发表于 2021-1-15 11:09
你可能没有get到点。

一，如果用md之类的，用用GPU，

老师您的意思是将这些MD的计算环境直接配置成一个container，以后再更换系统的时候直接调用这个库来运算，就免去一遍遍安装程序的步骤了。可以这样理解吗？
还有就是我确实还没get到NGC的优势，对于MD和GPU的认知程度都还在初级阶段，还要补很多基础内容。
感谢老师的回复！

abin 发表于 Post on 2021-1-15 11:09:29

YZH_jesse 发表于 2021-1-15 10:30
hhhhhhhhhh好的大佬我尽快开始GPU计算目前还没尝试过

你可能没有get到点。

一，如果用md之类的，用用GPU，
二，学习下目前流行的container技术，或者spack，
才会避免没事干就装软件的问题。

NGC，就是采用docker等提供的。

YZH_jesse 发表于 Post on 2021-1-15 10:30:19

abin 发表于 2021-1-15 10:09
NVIDIA NGC
值得拥有。

hhhhhhhhhh好的大佬我尽快开始GPU计算目前还没尝试过

YZH_jesse 发表于 Post on 2021-1-15 10:28:58

sobereva 发表于 2021-1-15 06:26
如果不是需要跨节点的话，强烈不建议装MPI版GROMACS，一方面还得额外装MPI库，另一方面单机用MPI并行的效率 ...

好的社长，我再安装一个GROMACS 2018.8 默认版本

abin 发表于 Post on 2021-1-15 10:09:09

NVIDIA NGC
值得拥有。

sobereva 发表于 Post on 2021-1-15 06:26:06

如果不是需要跨节点的话，强烈不建议装MPI版GROMACS，一方面还得额外装MPI库，另一方面单机用MPI并行的效率不如GROMACS默认用的thread-MPI（gmx的人自己搞的轻量级的线程版MPI）好。

2018.4的周期扰动法算粘度的功能有bug，建议用2018最后一个版本2018.8，这也是一个经典版本。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register