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固体和表面的非共价相互作用分析

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发布时间: 2021-1-22 13:30

正文摘要:

管理员Sobereva 2021-Feb-27注:本论坛现在还有一篇介绍Multiwfn+CP2K联用便利地实现NCI分析的教程,见《使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用》(http://bbs.keinsci.com/thread- ...

回复 Reply

Sancho 发表于 Post on 2023-10-16 21:29:17
您好,我在即将发表的工作中使用了您写的脚本,请问需要如何引用?
Sancho 发表于 Post on 2023-10-16 21:29:13
您好,我在即将发表的工作中使用了您写的脚本,请问需要如何引用?
978142355 发表于 Post on 2023-8-31 22:52:31
Sancho 发表于 2023-8-31 22:05
感谢您的解答,不过金属内部的RDG画出来是这样吗?感觉等值面过于圆润了。

#18和#24楼做的也是金属体系,和你的比较接近。
Sancho 发表于 Post on 2023-8-31 22:05:29
978142355 发表于 2023-8-31 21:47
这样已经正常了。我之前做过一些金属体系,应该就是差不多的样子。

感谢您的解答,不过金属内部的RDG画出来是这样吗?感觉等值面过于圆润了。
978142355 发表于 Post on 2023-8-31 21:47:16
Sancho 发表于 2023-8-31 21:15
按照您所说的,调整了一下vesta里面的选项,好像是好一点了。还请您帮我看看这样是否正常呢?@978142355

这样已经正常了。我之前做过一些金属体系,应该就是差不多的样子。
Sancho 发表于 Post on 2023-8-31 21:15:03
本帖最后由 Sancho 于 2023-8-31 21:19 编辑

按照您所说的,调整了一下vesta里面的选项,好像是好一点了。还请您帮我看看这样是否正常呢?@978142355

202308312114266810..png (171.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

202308312114266810..png

202308312114541616..png (281.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

202308312114541616..png
Sancho 发表于 Post on 2023-8-31 20:59:35
978142355 发表于 2023-8-31 20:45
你的信息太少暂时没办法诊断,你可以把pp.in和格点文件xsf/cube通过网盘链接带上来。

首先等值面建议 ...

您好,十分感谢您的回答,链接附上还请您查看后指教。谢谢!链接:https://pan.baidu.com/s/1cFpACaYpg1zEHfDsFIbxqw?pwd=kabb
提取码:kabb
978142355 发表于 Post on 2023-8-31 20:45:20
Sancho 发表于 2023-8-31 20:07
您好,请教您一下,我是想计算Pu(111) 表面吸附一个金属原子,然后查看RDG等值面观察相互作用情况。按照您 ...

你的信息太少暂时没办法诊断,你可以把pp.in和格点文件xsf/cube通过网盘链接带上来。

首先等值面建议按照
Set the isosurface between 0.3 and 0.6 to plot the non-covalent interactions.

现在看上去图并没有经过填色,另外你可以在vesta当中style那一栏的volumetric data把show sections关掉,可能qe的pp.x的rdg并没有专门处理遮蔽的选项,所以图可能并不那么好看,只能先试着调整等值面。
Sancho 发表于 Post on 2023-8-31 20:07:30
您好,请教您一下,我是想计算Pu(111) 表面吸附一个金属原子,然后查看RDG等值面观察相互作用情况。按照您的教程,操作后出现了很多红色的区域(P1),请问这是怎么回事儿呢?SCF输入文件已上传附件(F2)

屏幕截图 2023-08-25 113256.jpg (157.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

P1

P1

Ga_Pu_scf.inp

2.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

F2

annaqz 发表于 Post on 2022-11-23 10:41:30
ymeng 发表于 2022-11-22 21:44
您好,问下您的critic2可以正常使用吗?我make的时候一直报错

我后面没用这个了,我也不知道咋回事呢
ymeng 发表于 Post on 2022-11-22 21:44:33
annaqz 发表于 2021-5-27 12:44
好的,那我试一下,谢谢

您好,问下您的critic2可以正常使用吗?我make的时候一直报错
annaqz 发表于 Post on 2021-5-27 12:44:50
好的,那我试一下,谢谢
欧拉角 发表于 Post on 2021-5-26 00:35:08
annaqz 发表于 2021-5-25 19:29
请教楼主和社长,如果是VASP计算的结果,想分析一下这种相互作用,该怎么做呢?

也许可以暂时试试看critic2.
annaqz 发表于 Post on 2021-5-25 19:29:38
请教楼主和社长,如果是VASP计算的结果,想分析一下这种相互作用,该怎么做呢?

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