求助periodic-molecules的用法

查看数: 12020 | 评论数: 5 | 收藏 Add to favorites 2

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2021-1-24 15:11

拟构建连续的COF结构。上图中红色是分子本身，黄色是其跨盒子镜像。通过调整盒子大小，使得分子与其镜像的目标基团之间距离为1点几Å，接近键长。在mdp中设置了periodic-molecules=yes，并施加了位置 ...

回复 Reply

tjuptz 发表于 Post on 2022-1-28 22:36:42

sobereva 发表于 2022-1-28 22:31
是

谢谢社长

sobereva 发表于 Post on 2022-1-28 22:31:16

tjuptz 发表于 2022-1-28 22:29
请问老师，手册里说periodic_molecules=yes时会用慢的pbc算法。是不是实际没有跨周期键的时候设置成yes也 ...

是

tjuptz 发表于 Post on 2022-1-28 22:29:36

sobereva 发表于 2021-1-24 15:34
比如132与185之间有bond项，在计算bond项时，如果用了periodic-molecules=yes，程序会看132与当前盒子里的1 ...

请问老师，手册里说periodic_molecules=yes时会用慢的pbc算法。是不是实际没有跨周期键的时候设置成yes也不会出错，只是速度慢了？

jimulation 发表于 Post on 2021-1-24 15:46:28

sobereva 发表于 2021-1-24 15:34
比如132与185之间有bond项，在计算bond项时，如果用了periodic-molecules=yes，程序会看132与当前盒子里的1 ...

明白了sob老师，谢谢！

sobereva 发表于 Post on 2021-1-24 15:34:15

比如132与185之间有bond项，在计算bond项时，如果用了periodic-molecules=yes，程序会看132与当前盒子里的185近，还是相邻盒子里的185近，谁近就和谁有bond项作用。不涉及阈值问题。

没其它操作

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register