有机物分子在溶剂庚烷中npt过程求助

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发布时间: 2021-1-28 19:44

请教老师。我做一个npt模拟除了很多问题我的体系是有机物分子在溶剂庚烷中。 1.对纯庚烷模拟正常 2.对单独有机物分子真空中模拟正常 3.把有机物分子放入庚烷溶剂中和对纯有机物分子的npt模拟过程就报错报错情 ...

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sobereva 发表于 Post on 2021-1-29 19:16:05

sun666 发表于 2021-1-28 22:06
社长，请教您双精度的gromacs是什么意思呢。

浮点数用双精度浮点变量而非单精度浮点变量的GROMACS版本，浮点数记录精度更高，但计算速度也更慢

sun666 发表于 Post on 2021-1-28 22:06:17

sobereva 发表于 2021-1-28 20:43
8成是拓扑文件有问题

模拟个有机物的液体盒子看能否正常跑

社长，请教您双精度的gromacs是什么意思呢。

sun666 发表于 Post on 2021-1-28 20:59:20

sobereva 发表于 2021-1-28 20:43
8成是拓扑文件有问题

模拟个有机物的液体盒子看能否正常跑

谢谢社长，我使用的生成的GAFF力场文件。纯有机物液体也不能跑

sobereva 发表于 Post on 2021-1-28 20:43:49

8成是拓扑文件有问题

模拟个有机物的液体盒子看能否正常跑

并且也凭化学直觉检验下RESP电荷的合理性。

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