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使用packmol建盒子原子与拓扑文件不对应

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二饼妹

发布时间: 2021-2-1 09:46

正文摘要:

使用acpype生成的GAFF力场拓扑，氯化胆碱+乙酰丙酸，盒子大小为6*6*6，有两个问题： 1，用gmx insert-molecules分别加Ch+,Cl-,乙酰丙酸150，150，300，最多能加200：400的，但是我用packmol都可以加500：1000的，这 ...

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sobereva 发表于 Post on 2021-2-1 20:47:40

二饼妹发表于 2021-2-1 20:30
谢谢老师，我把上面那个报错用-maxwarn 1忽略之后，我的能量最小化只能进行几十步，感觉没有收敛，这应该 ...

跟那个warning没任何直接关系

做em的目的是为了md能跑，先看md能不能跑再说

sobereva 发表于 Post on 2021-2-1 20:05:44

insert-molecules的算法非常简单，没有packmol考虑那么周到。前者是一个一个加，直到插不进去为止，而后者在构建过程中会不断调节所有分子的位置和朝向，显然后者才有可能生成更致密的盒子。

结构文件和拓扑文件里的原子名不一致不用管，原子顺序对了就行。当前原子顺序是对应的。

牧生 发表于 Post on 2021-2-1 11:11:03

本帖最后由牧生于 2021-2-1 11:14 编辑

gmx insert-molecules加入氯离子，远不如gmx genion -s XXXXX.tpr -o XXXXX.gro -neutral -p XXXX.top 这个命令好。直接使体系为电中性。

只是名字对不上，我觉得是可以忽视这些的命令后加上 -maxwarn 1

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