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关于螺手性分子手性翻转过渡态的寻找问题

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Jacob

发布时间: 2021-2-3 21:47

正文摘要:

想得到螺烯类手性分子的消旋壁垒，类似图1。我想算的分子是图2，这样已知手性的P型和M型，要计算他的中间过渡态，搜索文献，找到了最早的一篇介绍螺烯消旋能垒计算的文献（J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 25, 6031–6 ...

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Freeman 发表于 Post on 2021-2-4 09:59:16

或许可以用ORCA的NEB试试？如果要用的话，一定记得把SCF、CI和TS的收敛限射严格，大致比默认收敛限小一个数量级，并且起点终点两个分子的原子编号要一致。
柔性扫描的话，感觉这个分子找不到一个适合扫描的变量。
另外，如果一定要用高斯找过渡态，最好先考虑没有那三个甲基的情况。这样一方面分子变小了，算得快；另一方面能防止优化成甲基旋转的过渡态了。

Jacob 发表于 Post on 2021-2-3 23:43:49

sobereva 发表于 2021-2-3 22:51
看清楚板块再发贴！学术问题求助帖不得发到与此毫无关系的“公社大厅”板块，这次给你移动了，下次直接删帖 ...

实在抱歉sob老师，第一次发帖，注意了发帖格式却忽略了发帖板块。真的抱歉！

wzkchem5 发表于 Post on 2021-2-3 23:08:58

如果完全确定过渡态是Cs对称性，只要初猜严格满足Cs对称性（用gaussview做过symmetrize），并且算了第一步的Hessian，就不会有什么问题。

sobereva 发表于 Post on 2021-2-3 22:51:57

看清楚板块再发贴！学术问题求助帖不得发到与此毫无关系的“公社大厅”板块，这次给你移动了，下次直接删帖+扣分+记违规处理

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