牧生 发表于 2023-8-23 21:35
结构已经不在了。
由于整个盒子中只有水这一种分子，所以直接只include TIP4P-ICE即可。液态水加到基本 ...

好，有空我按你说的试试。另外你模拟时候控压是怎么控的。各向同性么

uenh1998 发表于 2023-8-23 20:37
大佬，这个你建立的结构文件还有嘛，我想跟我建立的结构对比一下，看看哪里出了问题

结构已经不在了。
由于整个盒子中只有水这一种分子，所以直接只include TIP4P-ICE即可。液态水加到基本填满盒子，不要太少，当然太多了你也加不进去。。低温下可以迅速结冰的。

牧生 发表于 2023-4-19 21:26
我不知道你具体是怎么弄的，但是你建立的模型可能是有问题的，有些原子单独出现了，我重新帮你建立了一个 ...

大佬，这个你建立的结构文件还有嘛，我想跟我建立的结构对比一下，看看哪里出了问题

牧生 发表于 2023-4-19 21:26
我不知道你具体是怎么弄的，但是你建立的模型可能是有问题的，有些原子单独出现了，我重新帮你建立了一个 ...

好的，谢谢大佬，昨天学校停电，没打开电脑，不好意思

非好汉 发表于 2023-4-19 17:29
链接：https://pan.baidu.com/s/19SmQI1he0okkxqmeeKrcLw
提取码：bf8f

我不知道你具体是怎么弄的，但是你建立的模型可能是有问题的，有些原子单独出现了，我重新帮你建立了一个。以现在这个为准，
链接: https://pan.baidu.com/s/1ISh4ZOnUe2Q9JDGLLtHcjw?pwd=mctb 提取码: mctb 复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦

牧生 发表于 2023-4-19 16:32
把你的文件传到网盘，贴上来

链接：https://pan.baidu.com/s/19SmQI1he0okkxqmeeKrcLw
提取码：bf8f

非好汉 发表于 2023-4-19 16:27
大佬，我那个冰水混合物使用的是tip4p/ice水模型，左侧是genice构建的四点冰（含1024个水分子），右边是 ...

把你的文件传到网盘，贴上来

牧生 发表于 2023-2-11 21:34
用tip4pice水模型，只要温度低于0度，压力即使是1bar，也会结冰的。如果冰化了，考虑自己用的水模型问题
...

大佬，我那个冰水混合物使用的是tip4p/ice水模型，左侧是genice构建的四点冰（含1024个水分子），右边是（gromacs自带的tip4p.gro经删除得到单个四点水）1100个水分子，在260K、1bar条件下进行了能量最小化和10ns的npt模拟，结果融化了，请问是怎么回事？

hzh12138 发表于 2023-2-11 20:33
谢谢。那个脚本很管用，我转化好后又重新做了一下，200 bar冰还是融化了，后来我调到450 bar就好了很多， ...

用tip4pice水模型，只要温度低于0度，压力即使是1bar，也会结冰的。如果冰化了，考虑自己用的水模型问题
genice可以直接通过pip安装，一行命令就解决。

牧生 发表于 2023-2-10 13:07
解决了的。

http://bbs.keinsci.com/thread-9958-1-1.html     第七楼

谢谢。那个脚本很管用，我转化好后又重新做了一下，200 bar冰还是融化了，后来我调到450 bar就好了很多，可能初始体系不太理想吧，初始有3500个水分子和3072个冰分子.

Lacrimosa 发表于 2023-2-10 13:02
有必要做三点水转四点水吗？tip4p水模型下冰的结构可以直接通过genice程序获得，先对纯冰体系跑个npt平衡 ...

谢谢您的提醒，这个想法对我这个初学者来说很有意思，有时间我也把这部分做做看，genice暂时还看不太懂

hzh12138 发表于 2023-2-10 12:47
我也遇到了这个问题 请问现在解决了吗 老师

解决了的。

http://bbs.keinsci.com/thread-9958-1-1.html     第七楼

hzh12138 发表于 2023-2-10 12:47
我也遇到了这个问题 请问现在解决了吗 老师

有必要做三点水转四点水吗？tip4p水模型下冰的结构可以直接通过genice程序获得，先对纯冰体系跑个npt平衡一下，然后把盒子沿某一方向扩大一点，跑个nvt自然就得到冰水混合的体系了。

牧生 发表于 2021-2-6 21:35
谢谢。目前就卡在三点水转四点水的这一步。在centos下运行的命令，理应转化后，有n个水分子，就会多出来n ...

我也遇到了这个问题 请问现在解决了吗 老师