zaqxs234 发表于 2021-2-11 01:21
首先感谢您的解答，但是我的MOF里含有Cu金属元素，UFF和Dreding都优化不了（报错：The model contains fo ...

你COMPASS能优化是因为某些原子分配了错误的力场导致可以优化，MOF结构变化大说明力场不合适!

zaqxs234 发表于 2021-2-11 01:21
首先感谢您的解答，但是我的MOF里含有Cu金属元素，UFF和Dreding都优化不了（报错：The model contains fo ...

感觉不行，模型不太合理

EdwardLimit 发表于 2021-2-9 16:14
你这模型有问题，怎么跑都不可能跑出对的结果。Polymer和MOF的相溶性不是分子层面的问题，是聚集体与聚集体 ...

首先感谢您的解答，但是我的MOF里含有Cu金属元素，UFF和Dreding都优化不了（报错：The model contains forcefield types that are not part of the selected forcefield.），因此我的MOF和Polymer都用的COMPASSⅡ，但是MOF结构变化较大，我导师说实验中MOF是不改变形貌的，我不知道能否继续做下去，我的初步想法就是直接用COMPASSⅡ力场跑出动力学（不考虑MOF结构变化），然后分析Polymer和MOF的相互作用（RDF），请问是否可行？（刚研一很多东西都不是很懂，问的比较多，再次感谢！）

你这模型有问题，怎么跑都不可能跑出对的结果。Polymer和MOF的相溶性不是分子层面的问题，是聚集体与聚集体的问题，现在MD研究的程度也就研究两者的界面相互作用，做不到Polymer把MOF完全包起来。  如果你想研究Polymer和MOF的相互作用，用MS做基本上是死路，MS的力场不能混用，UFF或者Dreding是MOF常用的力场，但是这些力场不适用于Polymer. 力场不对，MD的结果就没有意义。 所以我还是建议你学lammps或者gromacs, MOF的力场一般都是有大组开发的，你可以依据自己的需求去查找文献下载，然后获取里面的参数，polymer的力场你一般用opls-aa,charm或者amber都达到发文章的要求了。