计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 利用Gromacs计算轨迹中DNA的α到χ torsion后怎么做出文 ...

利用Gromacs计算轨迹中DNA的α到χ torsion后怎么做出文献中的图

查看数: 12198 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

HZW

发布时间: 2021-2-22 16:59

正文摘要:

文献中的图片如下，能直接用origin做出下面的图吗?

回复 Reply

chengyuseu 发表于 Post on 2021-4-5 23:55:08

sobereva 发表于 2021-4-4 04:42
核酸构建工具：
AmberTools的NAB、nucgen
Gabedit

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2021-4-4 04:42:23

chengyuseu 发表于 2021-4-3 17:46
老师好，请问您的dna模型是用什么软件搭建的呢？我用的DS搭建的，发现gromacs不能识别

核酸构建工具：
AmberTools的NAB、nucgen
Gabedit
HyperChem
Avogadro中的build-Insert-DNA/RNA
http://web.x3dna.org/（选rebuilding - combination of ...）
输入序列和参数生成DNA三维结构：http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/bdna.jsp

应确保残基里原子名和IUPAC标准定义一样

chengyuseu 发表于 Post on 2021-4-3 17:46:49

老师好，请问您的dna模型是用什么软件搭建的呢？我用的DS搭建的，发现gromacs不能识别

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register