计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

过渡态优化能量震荡求助

查看数: 11795 | 评论数: 12 | 收藏 Add to favorites 1
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2021-2-24 23:27

正文摘要:

本帖最后由 星月无光 于 2021-2-25 12:04 编辑 大家好 在做过渡态优化的时候,得到的结构是我想要的过渡态结构,有且只有一个虚频(-300左右),原子移动方向也是朝着反应物与生成物方向。 但是优化曲线发生能 ...

回复 Reply

北大-陶豫 发表于 Post on 2021-2-27 09:47:35
DoubeeTwT 发表于 2021-2-26 18:48
能不能把输入的gjf文件的头传上来,有可能是电荷和自旋多重度设定错了

他模型就建错了,给一个不存在的反应找过渡态……
DoubeeTwT 发表于 Post on 2021-2-26 18:48:13
能不能把输入的gjf文件的头传上来,有可能是电荷和自旋多重度设定错了
北大-陶豫 发表于 Post on 2021-2-25 19:22:43
星月无光 发表于 2021-2-25 17:36
一语惊醒梦中人啊,太感谢了,我居然没有发现!

想想也很简单,从 -CO-COOH 的羧基拿走一个二氧化碳,剩下的显然是醛基,而不是羟甲基。
星月无光 发表于 Post on 2021-2-25 17:36:52
北大-陶豫 发表于 2021-2-25 15:55
这两个氢哪来的?
如果把这两个氢去掉,你的产物就是个不稳定的卡宾,不太可能稳定存在,所以找不到过 ...

一语惊醒梦中人啊,太感谢了,我居然没有发现!
北大-陶豫 发表于 Post on 2021-2-25 16:09:33
北大-陶豫 发表于 2021-2-25 15:55
这两个氢哪来的?
如果把这两个氢去掉,你的产物就是个不稳定的卡宾,不太可能稳定存在,所以找不到过 ...

当然也可能是脱羧之后羧基α位的羰基变成醛基,这样原子数也是合理的。但这个反应不太可能是直接分子内氢转移和碳碳键断裂一步完成的,更可能是一种能极性翻转的物质催化完成的(可以回顾一下生化里维生素B1催化丙酮酸脱羧生成乙醛的内容),至少也是负离子脱羧机理,绝对不可能像你想的一步完成那么简单。
北大-陶豫 发表于 Post on 2021-2-25 15:55:02


这两个氢哪来的?
如果把这两个氢去掉,你的产物就是个不稳定的卡宾,不太可能稳定存在,所以找不到过渡态一点也不奇怪。
北大-陶豫 发表于 Post on 2021-2-25 15:46:50
星月无光 发表于 2021-2-25 13:27
是一个羟基氢转移到羰基氢上,分子裂解为二氧化碳分子和相应的小分子
优化的方法我试过
1 对于DFT,特别 ...

你自己数数反应前后的氢数。。。
星月无光 发表于 Post on 2021-2-25 14:58:30
北大-陶豫 发表于 2021-2-25 14:22
所以你是平白无故多出来两个氢?这怎么可能……

哪里多出两个氢啊
北大-陶豫 发表于 Post on 2021-2-25 14:22:52
星月无光 发表于 2021-2-25 13:27
是一个羟基氢转移到羰基氢上,分子裂解为二氧化碳分子和相应的小分子
优化的方法我试过
1 对于DFT,特别 ...

所以你是平白无故多出来两个氢?这怎么可能……
北大-陶豫 发表于 Post on 2021-2-25 10:00:54
这是啥反应?α酮酸的羧基氢转移到α羰基上吗?或许你应该先扫描一下看看反应是不是真的有过渡态。溶剂化等有没有设对。
以后问这种问题应该把输入文件输出文件贴上来。
另外给自己的脚本打个广告:
【分享】监督高斯结构优化进度的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-21118-1-1.html
hebrewsnabla 发表于 Post on 2021-2-24 23:36:49
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2021-2-24 23:38 编辑

你这是结构优化不收敛,用了一堆scf的关键词当然没用。要对症下药,看这个http://sobereva.com/164

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 00:51 , Processed in 0.239595 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list