存在 发表于 2024-1-21 22:25
sob老师，您好：

能否提供一篇运用了‘3.1.2 准分子近似的NCI分析’方法的SCI文章呢？现在的工作有运用 ...

Multiwfn发表的文章pdf合集，下下来，然后用acrobat全文搜索搜promolecular。多了去了
第1~1010篇文章：http://sobereva.com/322
第1011~2001篇文章：http://sobereva.com/389
第2002~3000篇文章：http://sobereva.com/438
第3001~4000篇文章：http://sobereva.com/500
第4001~5000篇文章：http://sobereva.com/546
第5001~6000篇文章：http://sobereva.com/574
第6001~7000篇文章：http://sobereva.com/592
第7001~8000篇文章：http://sobereva.com/619
第8001~9000篇文章：http://sobereva.com/636
第9001~10000篇文章：http://sobereva.com/649
第10001~11000篇文章：http://sobereva.com/654
第11001~12000篇文章：http://sobereva.com/663
第12001~13000篇文章：http://sobereva.com/677
第13001~14000篇文章：http://sobereva.com/691

另外，若无特殊必要，promolecular NCI也不是什么好选择，能得到波函数就绝对别用这个。如果必须只基于原子坐标计算，IGM往往是更好的选择

sob老师，您好：

能否提供一篇运用了‘3.1.2 准分子近似的NCI分析’方法的SCI文章呢？现在的工作有运用准分子近似的NCI分析，故想引用相关文献说明一下。

牧生 发表于 2023-1-28 15:25
近日遇到这样的疑惑。我用gmx跑了冰受热融化的体系，在冰水界面上，刚好有两个水分子，按照常用的判断氢键 ...

各有各的意义
第一张图表现的是瞬时的相互作用，由于热运动，氢键的形成必定不够理想
第二张图由于优化了氢的位置，在O-O距离不变的条件下让氢键尽可能地形成，自然相互作用会比上面的更强

近日遇到这样的疑惑。我用gmx跑了冰受热融化的体系，在冰水界面上，刚好有两个水分子，按照常用的判断氢键标准，0.35nm，35°，没有形成氢键
直接将这两个分子用vmd取出来，orca直接计算波函数，IGMH分析也只看到绿色等值面





如果我将这个团簇，按照1楼所述，冻结氧原子后优化，再计算波函数，再做IGMH分析，那么出现蓝色等值面，也能看到显示的氢键




按理说，量化计算的精度是大于gmx的经典力场的，orca优化结构后的才是能量更低的。但是优化结构后，氢原子坐标就变了，就不符合gmx跑出来的构象了。究竟哪种方法更可靠些呢？


优化前，两个水分子中原子坐标信息如下

REMARK   Generated by Multiwfn, Totally         6 atoms
HETATM    1  O       A   1      68.980  15.820  21.700  1.00  0.00           O
HETATM    2  H       A   1      69.650  15.160  21.500  1.00  0.00           H
HETATM    3  H       A   1      68.170  15.330  21.770  1.00  0.00           H
HETATM    4  O       A   1      66.770  14.300  20.730  1.00  0.00           O
HETATM    5  H       A   1      66.060  14.630  20.180  1.00  0.00           H
HETATM    6  H       A   1      67.200  13.640  20.180  1.00  0.00           H
END

光光 发表于 2021-4-23 16:06
谢谢sob老师回复，问题已经解决。
另外，请问multiwfn现在支持cp2k跃迁偶极矩的计算吗？
我按高斯的例子 ...

不支持。手册里也没说支持

谢谢sob老师回复，问题已经解决。
另外，请问multiwfn现在支持cp2k跃迁偶极矩的计算吗？
我按高斯的例子试了以下，发现不可以。

sob老师，您好：

我用cp2k计算了一个钙钛矿晶体的波函数，根据您上面的提示添加了[CELL]信息，但是multifwn并没有载入晶体信息。
我把文件放在了附件中，您可以帮我看一吗？

sobereva 发表于 2021-3-18 05:15
这和用什么格式完全没关系，fchk和molden文件读到Multiwfn里都一样
同等GTF数目下，周期性体系的计算要 ...

好的，谢谢老师！

djjj148 发表于 2021-3-17 20:06
卢老师，用Multiwfn分析CP2K输出的cp2k-MOS-1_0.molden文件速度有点慢，就算是动用计算节点的硬件。
就我 ...

这和用什么格式完全没关系，fchk和molden文件读到Multiwfn里都一样
同等GTF数目下，周期性体系的计算要考虑周期性，耗时自然比计算孤立体系要高很多。而且如果是广义收缩的MOLOPT系列基组耗时更是相当高。
想节约些耗时可以把settings.ini里expcutoff_PBC设得大一些，比如-15甚至-12，但数值越大对结果准确度牺牲得就越多。如果之前用的是MOLOPT改成片段收缩的基组。

卢老师，用Multiwfn分析CP2K输出的cp2k-MOS-1_0.molden文件速度有点慢，就算是动用计算节点的硬件。
就我最常用的自旋布居功能((echo 7; echo 5; echo 0.25; echo 1) | Multiwfn cp2k-MOS-1_0.molden，对应fchk文件的7-5-1)测试了一下，16.7 12.7 19.2的格子，255原子体系，取0.25的格点在24核机子上大概需要10多分钟，就算是56核机器也得好几分钟，而fchk基本是用普通的4核机器就可以几秒钟搞定。
不太清楚Multiwfn计算格点时的算法，可能也不太好提升速度，只是提个小建议，如果方便的话希望老师看一下。

sobereva 发表于 2021-2-27 23:41
准分子近似能不用就不用。对于离子体系，存在显著电荷转移，准分子近似在原理上明显就很烂了。对于弱相互 ...

对于非正交的也支持那很完美了

tjuptz 发表于 2021-2-27 22:44
multiwfn支持正交盒子还是很好的，就算对于普通的不会周期性计算，对于普通有机分子晶体拿准分子近似的密度 ...

准分子近似能不用就不用。对于离子体系，存在显著电荷转移，准分子近似在原理上明显就很烂了。对于弱相互作用问题，准分子近似也没法考虑相互作用导致的Pauli互斥，以及某些情况下较强极化作用对电子密度的明显影响。

Multiwfn如今的版本对正交和非正交盒子都完美支持。本文的COF和氧化石墨烯+水的例子就是非正交盒子。

multiwfn支持正交盒子还是很好的，就算对于普通的不会周期性计算，对于普通有机分子晶体拿准分子近似的密度描述描述定性也还行。就是不知道准分子近似的密度对于非有机的晶体描述如何