sobereva 发表于 2021-3-1 16:00 嗷，是我无知了，谢谢指正 |
wzkchem5 发表于 2021-3-1 21:52 好的 谢谢 我再试试 感谢化学公社每一位热心解答的老师 |
wzkchem5 发表于 2021-3-1 21:52 好的 谢谢 我再试试 感谢化学公社每一位解答的老师 |
zzzco 发表于 2021-3-1 18:03 这种体系不建议用clean，clean只对比较小的、常见的分子可靠，对较大或者不常见的分子，可能clean后的结构比clean之前还不合理。 建议在MS里用UFF优化结构，然后导入GaussView，不clean直接算。如果初始团簇足够合理，连UFF优化都可以省。 |
本帖最后由 zzzco 于 2021-3-1 18:26 编辑 sobereva 发表于 2021-3-1 16:01 sob老师，我的课题是二氧化硅与阳离子（盐溶液）之间的相互作用过程，用了分子模拟后打算继续用量化加点深度，然后结合宏观实验做一个讨论。量化模型的合理性和可靠性是我一直在努力的，我是用的MS软件中自带的无定形二氧化硅构建的4.5埃的团簇，本来是类似于圆形的，先MS的clean，保存成mol文件，再Gaussian上用clean，就变成了不是圆形状的二氧化硅团簇了。请问老师有什么好的建议吗 |
zzzco 发表于 2021-3-1 14:37 已经说了，当前模型根本没意义，说耗时多少也没意义 顺带一提，恰当模型下，可以把底层（不与Na和水直接接触的）二氧化硅的原子用相对小一些的6-31G* |
北大-陶豫 发表于 2021-3-1 14:51 PM6对这个体系不怎么靠谱，而且还是没带色散校正的情况 3-21G就太糟糕了，因为还达不到能定性正确描述体系的程度，拿它预优化比起不做预优化，最终总耗时甚至更高 |
北大-陶豫 发表于 2021-3-1 14:51 明白了 我现在改 谢谢指导！！ |
zzzco 发表于 2021-3-1 14:37 不要一上来就 B3LYP/6-311G** opt freq，你应该先预优化一下，比如先 opt pm6，然后 opt B3LYP/3-21G，逐步加大基组，这样可以节约大量时间。 |
sobereva 发表于 2021-2-28 20:11 好的，sob老师，昨天的收敛结果我看错了，是电脑出bug了，看了fchk文件后，还没计算成功，而且计算freq本身也比较耗时，白高兴了。。。另外请教一下sob老师，这个体系计算大概需要多久，假设构型没出错，也按照老师给的关键词写输入文件（如果我能早点知道不收敛就可以早点改，像之前算了两三天等不来） |
zzzco 发表于 2021-2-28 19:20 你都说是钠离子了，显然整体应当带一个正电荷 |
北大-陶豫 发表于 2021-2-28 14:50 您好，是这样的，我弄了两个文件，一个是有电荷，一个是无电荷。我是看了sob老师的文章才知道怎么加电荷 |
sobereva 发表于 2021-2-28 14:14 按照freeman老师和sob老师的修改建议，我已改正，并且收敛了。非常感谢老师们。sob老师让看的文章我之前都有看过，是学习不到位，我会继续努力。临近毕业，我需要用gaussian算很少的一部分数据，很多操作上确实不熟练，见笑了。还有，sob老师，我报了您这届的班，但要写论文，所以去不了，我想单独请教我体系的问题，不知私聊您可好？ |
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楼上说得很好了，我再补充一点。你为什么是无电荷 doublet，不应该是 +1 电荷 singlet 吗？doublet 的话就不得不用 ub3lyp，比 rb3lyp 又慢一大截 |
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