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请教Gaussian优化分子(计算原子静电势)时使用b3lyp/6-31g*和hf/6-31g*是否合理

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发布时间: 2021-3-4 21:42

正文摘要:

本帖最后由 zzbyjr 于 2021-3-4 21:46 编辑 各位老师,我是做MD的,量化方向的小白,想按照文献中的方法给一个分子做优化并计算分子中各原子的RESP电荷,具体做法是先使用Gaussian得到静电势,然后利用AmberTools ...

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zzbyjr 发表于 Post on 2021-3-6 08:46:17
sobereva 发表于 2021-3-6 00:43
1 假设量化部分计算级别相同,24核这样核较多的时候用Multiwfn算RESP电荷会更快

2 用RESP2原理上好得 ...

感谢Sob老师~
sobereva 发表于 Post on 2021-3-6 00:43:39
zzbyjr 发表于 2021-3-5 11:30
各位老师,由于我之前没有这方面的计算经验,还想进一步请教一下:

1、假如我的有机分子大约包含500左右 ...

1 假设量化部分计算级别相同,24核这样核较多的时候用Multiwfn算RESP电荷会更快

2 用RESP2原理上好得多
zzbyjr 发表于 Post on 2021-3-5 11:30:28
本帖最后由 zzbyjr 于 2021-3-5 11:43 编辑

各位老师,由于我之前没有这方面的计算经验,还想进一步请教一下:

1、假如我的有机分子大约包含500左右的原子(GAFF力场,只包含前三周期元素),利用Gaussian计算静电势再用Atechamber拟合RESP电荷,或者利用Sob老师推荐的更优、更便捷的Multiwfn拟合RESP电荷,大约需要多长时间呢?(服务器单节点24核)

2、如楼上喵老师所讲,AMBER力场本身用的是HF/6-31G*计算静电势;Sob老师博文中也提到该方法实则“非常垃圾、无法忍受”,被沿用至今一是牵一发需动全身有点麻烦,二是误打误撞的巧合。考虑到我的分子包含原子数较多,在效率+准确性兼顾的前提下,各位老师有没有推荐的在Gaussian中更合适的优化方法呢?      (又看了Sob老师之前发给我的帖子“RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算”,心中似乎已经有了答案
zzbyjr 发表于 Post on 2021-3-5 09:51:44
sobereva 发表于 2021-3-5 05:22
仔细看下文,别用你截图里的做法
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/ ...

感谢Sob老师~我去仔细学习下~
zzbyjr 发表于 Post on 2021-3-5 09:50:32
喵星大佬 发表于 2021-3-5 05:08
一般做RESP电荷是HF/6-31G*计算当作水环境用的,GAFF力场本来也是这么定义的。结构本身用B3LYP/6-31G*优化 ...

感谢喵老师~
sobereva 发表于 Post on 2021-3-5 05:22:46
仔细看下文,别用你截图里的做法
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html
喵星大佬 发表于 Post on 2021-3-5 05:08:40
一般做RESP电荷是HF/6-31G*计算当作水环境用的,GAFF力场本来也是这么定义的。结构本身用B3LYP/6-31G*优化也很正常

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