smutao 发表于 2015-11-20 06:27
放到高斯里消完了再放ms里

还可以这么操作吗哈哈哈

各位老师，请问一下，我用Dmol3搜索过渡态，在做TS opt时遇到SCF不收敛的问题，有哪些措施可以解决这一问题？请问如果我微调TS search得到的过渡态结构可以解决这一问题吗？

卡开发发 发表于 2022-7-24 16:27
你应当使用partial Hessian，这个在properties-freq里面有选项，然后选中那些未被固定的原子即可。

好的好的，十分感谢卡老师！

就想要台服务器 发表于 2022-7-24 12:10
嗯嗯，谢谢卡老师，我看了一下，多余的两个虚频对应的是我底层原子的振动，两个虚频是相反的振动，但是我 ...

你应当使用partial Hessian，这个在properties-freq里面有选项，然后选中那些未被固定的原子即可。

卡开发发 发表于 2022-7-22 00:24
TS opt还有虚频应该看看啥原因，如果是吸附体系，得看看是否对应着吸附分子转动，可能涉及到表面不够大等 ...

嗯嗯，谢谢卡老师，我看了一下，多余的两个虚频对应的是我底层原子的振动，两个虚频是相反的振动，但是我把底层原子已经固定了笛卡尔坐标和分数坐标，还是会出现这种振动虚频，我先去尝试一下您给的建议，但是您觉得这个会和什么有关呢？再次感谢卡老师

就想要台服务器 发表于 2022-7-21 22:06
您好，卡老师，请问这个振动到一半的结构是是指我们想要的那个虚频吧？我过渡态搜索出现了三个虚频，都差 ...

TS opt还有虚频应该看看啥原因，如果是吸附体系，得看看是否对应着吸附分子转动，可能涉及到表面不够大等诸多问题。另外就是计算精度要足够，积分网格精度低也会导致噪声。如果没这些问题可以在新计算的频率基础上继续做TS opt。

卡开发发 发表于 2015-11-19 19:57
和教程上的原理一样，就是做做微调，只是他那种操作方法太繁琐。上面那里写得有点问题，是振动坐标的0.3~ ...

您好，卡老师，请问这个振动到一半的结构是是指我们想要的那个虚频吧？我过渡态搜索出现了三个虚频，都差不多大小，TS op之后还是出现了这三个虚频，没有变，不知道哪里出现了问题，所以想用您说的这个方法

实在佩服“卡开发发”老哥的回答，这个回答竟然跨越了7年

14wqlin 发表于 2020-8-9 19:36
你好，怎么把振动到一半的结构存下来拷贝下来，我将轨迹xtd文件振动到一半的结构另存为car文件，看到原子 ...

暂停后直接复制，贴到xsd。

卡开发发 发表于 2015-11-19 19:57
和教程上的原理一样，就是做做微调，只是他那种操作方法太繁琐。上面那里写得有点问题，是振动坐标的0.3~ ...

你好，怎么把振动到一半的结构存下来拷贝下来，我将轨迹xtd文件振动到一半的结构另存为car文件，看到原子坐标跟原来的结构是一样的，就算继续算虚频还是跟原来的结构一样

tianyongpan 发表于 2018-4-13 09:34
老兄，怎么看vib mode里面振动是负频率的是哪两个原子对啊？！多谢

振动坐标的0.3~0.5是啥意思，小白一个，多谢！

卡开发发 发表于 2015-11-19 19:14
这么麻烦。。。

1、直接看tools的vib analysis，然后看vib mode里面振动是负频率的是哪两个原子对；

老兄，怎么看vib mode里面振动是负频率的是哪两个原子对啊？！多谢

卡开发发 发表于 2015-11-29 20:08
懂点理论，你就知道怎么设置了，有时候不好的文献反而有误导作用。

看了整个帖子，佩服二位的科研精神！

zyj19831206 发表于 2015-11-29 13:17
你选择这些参数都是看文献的，还是自己的经验？？？

懂点理论，你就知道怎么设置了，有时候不好的文献反而有误导作用。