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Gromacs分段做NPT密度为什么呈现周期波动

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lyl
发布时间: 2021-3-7 11:01

正文摘要:

请问,Gromacs做NPT分段压缩盒子时,每段密度是收敛的,但下一段开始密度又会发生变化,总体来看密度呈现周期波动,一直不收敛,这是什么原因,该如何解决

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sobereva 发表于 Post on 2021-3-16 08:07:37
tau_p太大了,设小再试
lyl 发表于 Post on 2021-3-8 15:28:27
本帖最后由 lyl 于 2021-3-8 15:38 编辑

带有CH2OH极性基团的五元环烃与乙烯交替共聚,为了使密度稳定,进行分段压缩。不带极性基团密度比较稳定,随着极性基团含量增加密度出现周期变化
mpirun -np 4 gmx_mpi mdrun -ntomp 6,使用了4块GPU
采用Berendsen热浴和Berendsen控压
mdp参数
title                    = POSS
integrator               = md
dt                       = 0.001
nsteps                   = 100000
nstxout                  = 10000
nstvout                  =
nstlog                   = 1000
nstenergy                = 1000
nstxout-compressed       = 10000  ; output for .xtc file
compressed-x-grps        = System
nstlist                  = 10
ns_type                  = grid
rlist                    = 1.0
coulombtype              = PME
rcoulomb                 = 1.0
vdw_type                 = Cut-off
cutoff-scheme            = Verlet
rvdw                     = 1.0
rvdw_switch              = 0
tcoupl                   = Berendsen
;tcoupl                   = nose-hoover
tc-grps                  = system
tau_t                    = 0.5
ref_t                    = 800
Pcoupl                   = Berendsen
Pcoupltype               = isotropic
tau_p                    = 5.0
compressibility          = 4.5e-5
ref_p                    = 1.0
gen_vel                  = yes
gen_temp                 = 1000
gen_seed                 = 13029
constraint-algorithm     = SHAKE
constraints              = none
pbc                      = xyz
epsilon_rf               = 0
DispCorr                 = EnerPres
fourierspacing           = 0.12
sobereva 发表于 Post on 2021-3-7 23:47:44
说清楚什么体系、什么热浴、什么控压参数。“分段压缩盒子”语义不明
如果是PR压浴,尝试改成berendsen

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