求助计算单分子的回转半径

查看数: 16370 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 5

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2021-3-8 17:01

前辈们好，求问一下想要用GROMACS计算一个分子的回转半径，然后我的体系里可能是3000个这样的分子，它的gmx gyrate的计算结果就是单个分子的回转半径吗？还是说用索引限定它计算其中一个分子的回转半径呢？此外， ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2021-3-16 07:04:25

fwan1006 发表于 2021-3-15 19:34
谢谢老师，再请问一下计算回转半径的话对选用的系综有什么要求吗？NVT还是NPT？

无所谓，跟这个没直接关系

fwan1006 发表于 Post on 2021-3-15 19:34:42

sobereva 发表于 2021-3-8 21:45
1 把3000个分子视为整体计算，还是每个分别计算取平均，取决于用不用-nmol选项

2 不矛盾，看我培训的ppt ...

谢谢老师，再请问一下计算回转半径的话对选用的系综有什么要求吗？NVT还是NPT？

sobereva 发表于 Post on 2021-3-8 21:45:43

1 把3000个分子视为整体计算，还是每个分别计算取平均，取决于用不用-nmol选项

2 不矛盾，看我培训的ppt

3 除非很短的饱和烷烃，否则温度对其构象影响大极了，自然也影响回转半径

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register